Stäubli verstand die Wellenstruktur der Ornamentverglasung als Verweis «‹auf den Geist Gottes (...), der wie ein Wind aus diesem Raum hinauswehen soll.›» (Baumgartner, 1997, 18. September, o.S.)
Im Rahmen der Kirchenrenovierung und -erweiterung der reformierten Kirche in Engelburg (1996/97) wurde das Atelier Stäubli frühzeitig mit der künstlerischen Ausstattung des Gebäudes beauftragt und stand in regem Austausch mit dem Architekturbüro Niethammer + Stünzi, insbesondere mit dem Engelburger Walter Stünzi. Obwohl Heinrich Stäubli im Jahr 1995 den Betrieb an seinen langjährigen Mitarbeiter Ernst Holenstein übergeben hatte, ist anzunehmen, dass er für die Entwürfe der Ornamentverglasung verantwortlich war, die Holenstein ausführte. Stäubli gestaltete auch die farbige Wandmalerei der Chorwand zum Thema «Schöpfung» und die abstrakte Wandmalerei «Gemeinschaft» für das Foyer (weisses Wellenband auf fliederfarbenem Grund und durchbrochen von einer gelben Tür mit weisser Spirale). Offensichtlich ging es Stäubli um die gesamtheitliche Gestaltung von Räumen in der Tradition des Gesamtkunstwerkes, wofür er gerne in mehreren Medien arbeitete.
Die lokale Presse lobte anlässlich des Abschlusses der Kirchenrenovierung im September 1997 die künstlerische Gestaltung: «Auffallend ist die fröhliche Farbgestaltung der Innenräume. Der frühe Entscheid zur Zusammenarbeit mit dem Engelburger Kunstschaffenden Heinrich Stäubli ermöglichte die optimale Gestaltung in Farbe und Licht. Heinrich Stäubli wollte in der Gestaltung des Kirchenschmucks die ganze Spannbreite des Religiösen miteinbeziehen. Sein farbenprächtiges Bild im Kirchenraum erinnert an die Schöpfungsgeschichte: Quelle, Acker, Lebensbaum und Regenbogen, und soll Inspiration für alle kirchlichen Handlungen bieten, von der Taufe bis zum Begräbnis. Die farbenfrohe Dynamik setzt sich wellenförmig fort in der Eingangshalle und wirf auf der Türe des grossen Gemeinschaftsraumes zur Spirale, welche geradezu anziehend wirkt.» (Baumgartner, 1997, 19. September, o.S.)