Hans Rudolf Nägeli, Sohn des gleichnamigen Vaters († 1522) und der Elisabeth Summer, stand 1521 in päpstlichen Diensten und kam 1522 in den Kleinen Rat von Bern. Wie sein Vater war er Gubernator in Aigle. Während der Reformation 1528 musste er die dortige Bevölkerung beruhigen. 1536 wurde er erster Landvogt von Thonon. Nägeli war seit 1532 mit Margaretha May, einer Tochter Glado Mays verheiratet. Er starb im Jahr 1561. Sein Bruder Hans Franz († 1579) führte die Berner bei der Eroberung der Waadt 1536 an.
Hans Rudolf Nägeli ist auch der Stifter der berühmten Scheibe des “Alten und jungen Eidgenossen” im Bernischen Historischen Museum, die der Berner Glasmaler Hans Funk zwischen 1532/33 und 1539 unter Einfluss Niklaus Manuels (um 1484–1530) schuf: Sie zeigt das Zwiegespräch zwischen der älteren, gottesfürchtigen und demütigen sowie der jüngeren hoffärtigen und übermütigen, durch Kriegsdienste reich gewordenen Generation auf (Inv.-Nr. BHM 21643. Unter der zahlreichen Literatur s. Niklaus Manuel Deutsch 1979. S. 473–480; Hasler 1996/1997. Bd. I. Abb. 170.3; Hasler 2009. Kat. IV.1, Farbabb. S. 226; BE_828).
Nicht nur der Stiftername, auch die Form der in Bern so beliebten Rundscheibe mit Blätterkranz, der Damastgrund mit Nelken und paarweise auftretenden Herzblättern (vgl. FR_48 oder FR_51) und die ornamentale Gestaltung des Inschriftbandes deuten auf eine Entstehung in einer Berner Glasmalereiwerkstatt hin (vgl. Scheidegger 1947. Taf. I, Abb. 45, 55, 62). Eine Zuschreibung an einen der damals in Bern vielbeschäftigten Meister wie Mathis Walther (1517–1602), Joseph Gösler († 1585/86) oder Heinrich Steinegger (erwähnt 1526–1556) erscheint hingegen verfrüht, steht eine sichere Beurteilung der Berner Glasmalerei doch noch aus (Der CV-Auswertungsband über die Berner Glasmalerei des 16. bis 18. Jahrhunderts wird derzeit im Vitrocentre Romont von Rolf Hasler und Sarah Keller vorbereitet).