Josias Murer, der Sohn von Jos und Bruder von Christoph Murer, dürfte sich wie dieser bei seinem Vater zum Glasmaler ausgebildet haben. Am 28. August 1588 trat er in Zürich in die Zunft zur Saffran ein und im gleichen Jahr ehelichte er Barbara Kambli. 1613 wurde er in den Zürcher Rat aufgenommen und 1614 zum Amtmann im Kappelerhof erwählt. Nach dem Tod seiner ersten Frau ging er 1617 eine zweite Ehe mit Margaretha Müller ein.
Die Glasmalerwerkstatt, welche die Brüder Christoph und Josias Murer vermutlich seit 1588 gemeinsam in Zürich betrieben, war zu ihrer Zeit schweizweit die bedeutendste. Ihre enorme Produktivität und Ausstrahlungskraft verdankte sie Josias' Bruder Christoph, dessen Einfallsreichtum und künstlerisches Können ihr weit über Zürich hinaus Kundschaft bescherte (Aufträge erhielt sie aus der ganzen Ostschweiz, aber auch aus Deutschland oder Bern). Wie von diesem gibt es von Josias Glasgemälde und Scheibenrisse mit seiner Signatur, dem Monogramm “IM”. Weil sein Bruder als Entwerfer ihm weit überlegen war, scheint er sich in der Werkstatt allerdings aufs Glasmalen konzentriert zu haben. Kennzeichnend dafür ist, dass von ihm nicht derart viele Risse wie von Christoph Murer erhalten sind und sich davon viele als Nach- oder Umzeichnungen von Vorlagen desselben erweisen. So war es häufig Josias, der nach Entwürfen seines Bruders die Glasgemälde ausführte. Beispiele dafür bieten verschiedene in ihrer Werkstatt bestellte Glasgemäldezyklen. Genannt seien die Serie der Vier Jahreszeiten von 1599, die von den Zünften Zürichs 1605 ins dortige Wirtshaus zur Linde gestifteten Scheiben mit Monatsdarstellungen oder die Standesscheibenfolge von 1608 (diese Zyklen heute vollständig oder teilweise im Schweizerischen Nationalmuseum Zürich). Wie der 1606 nach Entwürfen Christoph Murers für das Luzerner Rathaus geschaffene Standesscheibenzyklus zeigt, beteiligten sich manchmal freilich beide Brüder gemeinsam an der Glasmalerarbeit. Es gab aber ebenfalls Kunden, welche diese Arbeit ausdrücklich dem einen oder anderen von ihnen anvertrauten. Dies belegen die Rechnungen der Stadt Zürich, worin Josias Murer gleich wie sein Bruder mehrfach als Lieferant von Standesscheiben erscheint (zwischen 1591 und 1614 sind darin für insgesamt 40 derartige Werke an ihn ergangene Bezahlungen verzeichnet). Zudem erteilten ihm weitere Zürcher Institutionen Aufträge (Fraumünsteramt, Bauamt, Zünfte zur Meise und Konstaffel), daneben auch auswärtige wie die Städte Stein am Rhein und St. Gallen oder Privatkunden wie 1610 der Mainzer Kurfürst und Erzbischof Johann Schweikard. Des Weiteren hatte Josias analog zu seinem Bruder als Meister Lehrknaben auszubilden, darunter als bekanntesten seinen späteren Schwiegersohn Hans Heinrich Rordorf (1591–1680). Im Falle der Murer-Werkstatt gestaltete sich die Arbeitsteilung demnach überaus komplex. Obwohl Josias Murers Werke nicht die gleiche Feinheit und Brillanz wie diejenigen seines Bruders besitzen, fällt es deshalb nicht immer leicht, die signaturlosen in deren Betrieb entstandenen Arbeiten dem einen der beiden Brüder sicher zuzuweisen. Beispiele dafür bieten der Wappenscheibenzyklus, den die Zürcher Obrigkeit im Jahre 1600 für die Stadtkirche von Stein am Rhein anfertigen liess (heute im Museum zu Allerheiligen Schaffhausen), oder die 1602 ins Kloster Wettingen verehrten Standesscheiben, wovon je ein Stück noch dort bzw. in Wörlitz (Gotisches Haus) zu sehen ist.
Das anhand von Josias Murers Signatur für diesen bezeugte Œuvre ist zu umfangreich, um hier detailliert angeführt zu werden (eine Auswahl davon aufgelistet bei Vignau-Wilberg, S. 51, Anm. 389). Verwiesen sei hier lediglich auf seine Glasmalereien in der Burgergemeinde Freiburg (FR_226), im Sonnenburggut zu Schaffhausen sowie im Besitze verschiedener Museen (SNM Zürich; Museum zu Allerheiligen, Schaffhausen; VAM London; Hist. Mus. Luzern; Hist. Museum Thurgau, Frauenfeld: TG_33, TG_34; Württembergisches Landesmuseum, Stuttgart; Vitromusée Romont; Gotisches Haus, Wörlitz; GNM Nürnberg; Residenz München). Scheibenrisse gibt es von ihm ebenfalls in mehreren Museen (Bernisches Historisches Museum, SNM Zürich etc.).

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