Das Marien- und das Josefsfenster in der östlichen Chorschlusswand der Kirche wurden 1901/02 aufgrund einer Initiative des neugewählten katholischen Pfarrers Jakob Stücheli (1867–1931) angeschafft. Stücheli hatte die Gelder für die zwei Chorfenster mit der Begründung beantragt, dass die alten Fenster einen zu grossen Kontrast zur neu renovierten Kirche bildeten (Katholisches Kirchgemeindearchiv Pfyn, B13.3.15/0, Protokoll vom 22.9.1901). 1902 wurden an Friedrich Berbig, Glasmaler in Zürich Enge, 800 Franken für zwei neue Chorfenster ausbezahlt (Katholisches Kirchgemeindearchiv Pfyn, B16.7.02/0). Anstelle einer ursprünglich geplanten Darstellung des heiligen Johannes hatte man sich schliesslich für ein Bildnis des heiligen Josefs entschieden. In ihrer Gestaltung sind die beiden Glasmalereien an den gotischen Chorraum und den neogotischen Hochalter von 1898 angepasst worden.
Im Zuge der Kirchenrestaurierung von 1980/81 wurde die zugemauerte mittlere Öffnung zwischen dem Marien- und dem Josefsfenster wieder freigelegt, und alle drei Chorfenster wurden nach unten – wohl auf ihre ursprüngliche Dimension – verlängert. Die beiden Glasmalereien Berbigs wurden damals von Albin Engeler restauriert und im unteren Bereich ergänzt. Engeler schuf in Anlehnung an Berbigs Werke auch die Ornamentverglasung des freigelegten mittleren Fensters (TG_855), wodurch eine stimmige dreiteilige Fenstergruppe entstand.