Die Bleiverglasungen der evangelischen Kirche Weinfelden entwarf der Dekorationsmaler Christian Jakob Schmidt aus Zürich, die Umsetzung der Glasmalereien wurde aus Zeitgründen auf die beiden Firmen Huber-Stutz und Röttinger, beide in Zürich, verteilt (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden; Brief Pfleghard & Haefeli an die Kirchenbaukommission vom 29.9.1903, sowie Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, 310 (02); Rechnungen von Huber-Stutz und Röttinger vom 21. und 31. Dezember 1903). Die Glasmaler Meyner, Winterthur und Berbig, Zürich hatten zwar ebenfalls offeriert, kamen jedoch gemäss den Architekten Pfleghard und Haefeli für die Ausführung von Jugendstilfenstern nicht in Frage (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden; Brief Pfleghard & Haefeli an die Kirchenbaukommission vom 29.9.1903).
Erstmals im Thurgau wurde hier den Glasmalereien einer evangelischen Kirche eine entscheidende Rolle zugewiesen. Sie sind Teil einer bis ins Detail durchkomponierten Ausstattung, die zusammen mit der Architektur eine Einheit im Sinne eines Gesamtkunstwerkes bildet. Gänzlich losgelöst von der Bildwelt des 19. Jahrhunderts zeigen sie in der Art des Jugendstils stilisierte Motive.

Die Kosten für die verschiedenen Glaserarbeiten beliefen sich insgesamt auf Fr. 4339.38 (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, 310 (1906); Rechnung über den Kirchenbau). Die von der Baukommission erwähnten und von der Kirchgemeinde gewünschten Abbildungen der Reformatoren Luther und Zwingli kamen, zumindest in Glas, nicht zur Ausführung (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, B IV a2 / 4112 (1903), Protokolle der Kirchenbaukommission; Protokoll vom 9.10.1903).