Sohn des Malers und Dekorationsmalers Friedrich Christian Schmidt. Christian Jakob Schmidt wurde im väterlichen Geschäft «Fleckenstein & Schmidt» ausgebildet. Ende der 1870er und Anfang der 1880er Jahre besuchte er die Kunstgewerbeschule in Zürich und reiste für Studienaufenthalte nach Paris, Berlin und München. In München machte er sich in der Firma «Keim und Recknagel» mit der Technik der Mineralmalerei vertraut, bevor er ganz in das väterliche Geschäft einstieg, und dieses 1895 zusammen mit seinem Bruder Karl Heinrich Schmidt (1867–?) übernahm. Damals efolgte die Umbenennung der Firma in Schmidt & Söhne. Christian Jakob Schmidt prägte als Dekorationsmaler stark die Firmengeschichte und etablierte den neuen Geschäftszweig der Freskenrestaurierung. Von 1904 bis 1910 war er Zentralpräsident des Schweizerischen Maler- und Gipserverbandes. 1930 übergab er das Malergeschäft an seine Söhne: Georg Christian (gest. 1974) und Friedrich Schmidt (gest. 1960).
In den frühen Jahren führte die Firma zahlreiche Aufträge für Dekorationsmalereien in Kirchen, Gasthöfen, Hotels und amtlichen Bauten aus. In den ersten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts rückten unter der Leitung von Christian Jakob vornehmlich städtische Bauten und Wohnkolonien ins Zentrum. Unter anderem ausgemalt wurden das Schulhaus Sihlfeld (1918), die Wohnkolonie Sonnenheim (1924/27), das Bullingerhaus (1926) sowie die Perrondächer der Bahnhöfe Enge und Wiedikon (1927). Zu den wichtigsten Restaurierungsarbeiten zählen das Schloss Kyburg nahe Winterthur, das Schloss Valeria im Wallis und die Kirche Santa Maria delle Grazie in Bellinzona. Im Nachlass Christian Schmidt haben sich zahlreiche Dokumente, Studienblätter und Zeichnungen erhalten, darunter Entwürfe für Ausmalungen in den Kirchen in Winterthur (Kath. Kirche), Berikon, Silenen (Nothelferkirche) und Wipkingen. In der Zentralbibliothek Zürich befinden sich Entwürfe für die Innendekoration eines Tonhalle-Pavillons (um 1895).

Werke (Glasmalerei):
1903 Entwürfe Christian Jakob Schmidts für Ornamentfenster und Fenster mit Evangelistensymbolen in der Ref. Kirche in Weinfelden (Ausführung durch die Werkstätten Huber Stutz und Röttinger).