Die Bleiverglasungen der evangelischen Kirche Weinfelden entwarf der Dekorationsmaler Christian Jakob Schmidt aus Zürich, die Umsetzung der Glasmalereien wurde aus Zeitgründen auf die beiden Firmen Huber-Stutz und Röttinger, beide in Zürich, verteilt (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden; Brief Pfleghard & Haefeli an die Kirchenbaukommission vom 29.9.1903, sowie Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, 310 (02); Rechnungen von Huber-Stutz und Röttinger vom 21. und 31. Dezember 1903). Die Glasmaler Meyner in Winterthur und Berbig in Zürich hatten zwar ebenfalls offeriert, kamen jedoch gemäss den Architekten Pfleghard und Haefeli für die Ausführung von Jugendstilfenstern nicht in Frage (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden; Brief Pfleghard & Haefeli an die Kirchenbaukommission vom 29.9.1903). Länger beschäftigt hat die Baukommission offenbar die Frage, welche Motive in den beiden monumentalen Rundbogenfenstern der Emporen dargestellt werden sollten: “Zwar hätten sich dieselben zur Anbringung von Gruppenbildern in grossem Stil wohl geeignet. Allein abgesehen von den hohen Kosten, wäre das einfallende Licht allzusehr von Ihnen gedämpft worden. So beschloss die Kommission, den grösseren Teil der Fläche hell zu halten und nur vereinzelte Figuren anzubringen. […] In erster Linie kamen in Betracht die Symbole der 4 Evangelisten. Dieselben sind zur Ausschmückung eines protestantischen Gotteshauses wohl geeignet und werden in letzter Zeit wieder häufiger angewendet” (Evang. Kirchenbaukommission Weinfelden, 1905). Auf Weisung der Baukommission mussten die Evangelistensymbole in amerikanischem Opaleszentglas ausgeführt werden (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, 310 (02); Rechnung Röttinger vom 31. Dezember 1903).
Erstmals im Thurgau wurde hier den Glasmalereien einer evangelischen Kirche eine entscheidende Rolle zugewiesen. Sie sind Teil einer bis ins Detail durchkomponierten Ausstattung, die zusammen mit der Architektur eine Einheit im Sinne eines Gesamtkunstwerkes bildet. Gänzlich losgelöst von der Bildwelt des 19. Jahrhunderts zeigen sie in der Art des Jugendstils stilisierte Motive.

Die Kosten für die verschiedenen Glaserarbeiten beliefen sich insgesamt auf Fr. 4339.38 (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, 310 (1906); Rechnung über den Kirchenbau). Die von der Baukommission erwähnten und von der Kirchgemeinde gewünschten Abbildungen der Reformatoren Luther und Zwingli kamen, zumindest in Glas, nicht zur Ausführung (Evang. Kirchgemeindearchiv Weinfelden, B IV a2 / 4112 (1903), Protokolle der Kirchenbaukommission; Protokoll vom 9.10.1903).