Das Wappen des Stifters wird von einem bärtigen Heiligen begleitet, der in ein langes blaues Gewand und einen roten Mantel gekleidet ist. Das von ihm mitgeführte Attribut, die Streitaxt, kennzeichnet sowohl den Apostel Matthäus als auch den sog. 13. Apostel Matthias, der den Verräter Judas ersetzte und hier als Namenspatron des Stifters dargestellt sein kann. Auf grünem Wiesenboden stehend, erscheint er vor leuchtend blauem Hobelspandamast. Figur und Wappenschild umfassen zierliche Rundpfeiler auf blauen Basen. Darüber erhebt sich ein doppelter Astbogen mit Blattwerk in Grisaille- und Silbergelbmalerei.

Der rechte Teil des Wiesengrundes und das anschliessende kleine blaue Damaststück neu ergänzt; Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Restaurierungen
1868 eventuell Restaurierung durch Johann Heinrich Müller (1822–1903). In diesem Jahr wurden von Müller die fünf alten Glasgemälde in den Chorfenstern der Kirche restauriert (vgl. dessen Offerte vom 6. Februar 1868 an die Berner Baudirektion; Staatsarchiv Bern, BB X 648: Grossaffoltern 1840–1930). Laut einem der Offerte beiliegenden Brief Müllers vom 31. März 1868 wurde damals mit dem Kirchenvorstand Grossaffolterns auch über eine Reparatur der Fenster im Kirchenschiff verhandelt (ob diese realisiert wurde, geht daraus nicht hervor).
1909 Gustav Robert Giesbrecht, Bern: Giesbrechts Restaurierung ist durch eine Rechnung von 1909 dokumentiert (Kirchgemeindearchiv Grossaffoltern; Angabe von Caviezel/Bruneau, Denkmalpflege Kanton Bern).
1963/64: Bei der damaligen grossen Kirchenrenovation wurden die alten Glasgemälde herausgenommen und die Fenster renoviert. Ob damals auch die Glasgemälde restauratorische Eingriffe erfuhren und bei der Wiedereinsetzung umplatziert wurden, ist ungewiss (Angabe von Caviezel/Bruneau). Vermutlich damals bei einzelnen Scheiben aber Stabilisierung des Bleinetzes.

Das vorliegende Wappen wurde schon in der älteren Literatur für Matthias Maurer (Mathis Murer) in Anspruch genommen (von Mülinen 1895) und der zugehörige Schildbegleiter dementsprechend als dessen Namenspatron interpretiert. Tatsächlich hat sich im Staatsarchiv Bern ein Siegel des Aarberger Landvogts Matthias Maurer vom 20. September 1521 erhalten, das in der Form mit dem vorliegenden Wappen übereinstimmt (Unnütze Papiere 2,23; freundliche Mitteilung von Berchtold Weber in Bern, Okt. 2014). Der aus Bern gebürtige Matthias Maurer war dort 1490–1499, 1505–1511 und 1519–1528 Mitglied des Grossen Rats. 1528 erwarb er das Haus der Antoniusritter in der heutigen Postgasse. Matthias Maurer amtete 1520–1527 als Landvogt zu Aarberg (HBLS 5/1929, S. 55; von Mülinen 1895). In diesem Amt wird er seine Wappenscheibe nach Grossaffoltern gestiftet haben.
Wie die Stadtscheibe Aarbergs ist Maurers Glasgemälde nicht nur kleiner, sondern auch altertümlicher als die 1524 datierten Figurenscheiben Berns und Frienisbergs und könnte vielleicht schon um 1520 gestiftet worden sein. Der Rat wies am 26. Juni dieses Jahres den Meier von Affoltern an, die Fenster auszubrechen und aufzubewahren, bis Jakob Stächeli für seine Arbeit bezahlt sei: "An meyer von Affholtern, die pfänster usszubrächen und die zu sinen handen zu behalten, so lang, vil und gnug, biss Jakob Stächeli sellicher sin arbeit bezalt werde." (Haller 1900, S. 121). Hans Lehmann bezog diesen Eintrag nicht wie Heinrich Türler (SKL 3/1913, S. 209) auf die Kirche Affoltern im Emmental und somit auf die von dort stammende Berner Ämterscheibe im Bernischen Historischen Museum (BHM Bern, Inv. 1915), sondern auf die um 1514–1524 erneuerte, damals mit Wappengaben beschenkte Kirche von Grossaffoltern und wies fast alle dortigen Glasgemälde dementsprechend Jakob Stächeli zu (Lehmann 1914, S. 142–144). Allerdings ist in der Quelle nicht explizit von der Kirche oder von Wappenscheiben die Rede. Für Jakob Stächeli gesicherte Werke haben sich zudem nicht erhalten. Lehmanns Zuschreibung an diesen Meister stellt somit eine reine Hypothese dar.