1383 vergabte die Gräfin Anna von Nidau den Kirchensatz von Grossaffoltern (Affoltern bei Aarberg) an das Frauenkloster Klingenthal in Kleinbasel. 1416 verkauft dieses wiederum den Kirchensatz an das dem Dorf benachbarte Zisterzienserkloster Frienisberg, das um 1131 von Graf Udelhard von Saugern gestiftet und mit Mönchen aus Lützel besiedelt worden war. Der letzte Frienisberger Abt, Urs Hirsinger (1513–1528), übergab bei Einführung der Reformation 1528 sein Kloster an Bern und floh ins freiburgische Zisterzienserkloster Hauterive. Fortan verwaltete ein bernischer Vogt bzw. Schaffner das Kloster und die Klostergüter; die Klosterkirche wurde 1534 abgebrochen. Die bernische Vogtei Frienisberg mit Sitz im Kloster umfasste vier Gerichte. Die Pfarrei Grossaffoltern, die zum Kapitel Büren gehörte, wurde fortan vom Berner Rat besetzt.
Ab 1510 wurde die ursprünglich dem hl. Stephan geweihte Kirche Affoltern (heute Grossaffoltern) über zwei Vorgängerbauten unter Einbezug des Westturmes aus dem 14. Jahrhundert neu errichtet. Ihr Dachstuhl datiert ins Jahr 1513. Laut Berner Ratsmanual waren die Umbauten noch 1524 im Gang. Darauf weisen auch die 1524 datierten Scheiben. Aus der Bauzeit stammen zudem die Quadermalerei an Triumphbogen und Chorfenster, der Taufstein und die Sakramentsnische. 1766/67 fand eine umfassende Renovation statt, von der u.a. die Kanzel und die Empore zeugen. Die letzte grosse Renovation stammt von 1963/64 und betraf den Chor.