Das Glas mit dem Oberkörper des linken Löwen und ein Stück des rechten Löwen, die rechte Säule sowie die Bodenstücke und der Teppich mit einem Teil der Fransen neu ergänzt (die Fotos von Hesse, des SNM Zürich und des BHM Bern zeigen die kleine Ergänzung im linken Säulenschaft noch nicht); ein altes Flickstück unten rechts; stellenweise geringe Korrosionsschäden; mehrere Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Restaurierungen
1736/37 fanden laut den Amtsrechnungen von Köniz Erneuerungsarbeiten an den Chorfenstern statt: "Reparatur der Chorfenster zu Neüwenegg 10 lb. 18 sch. 8 d." (Hinweis von Heinz Matile in der Kartei "Ortskatalog/Glasgemälde", BHM Bern).
1758/59 wurden laut den Amtsrechnungen von Köniz im Chor zwei neue Fenster eingesetzt: "Dem Glaser Jacob Kocher für 2 neüwe Chorfenster zu Neewenegg bezahlt 3 Kr. 5 Btz." (Hinweis von Heinz Matile in der Kartei "Ortskatalog/Glasgemälde", BHM Bern).
1792 mussten laut den Amtsrechnungen von Köniz erneut Chorfenster repariert werden: "Reparation der am 1. Sept. durch hagelwetter verschlagenen Fensteren im Kirchenchor Neuenegg 25 Kr. 20 Btz." (Hinweis von Heinz Matile in der Kartei "Ortskatalog/Glasgemälde", BHM Bern).
1869 waren in der Kirche Neuenegg die gemalten Fenster alle beschädigt und eine Menge Scheiben zertrümmert (Schweizer Handels-Courier 215, 3.8.1869).
1871 machte der Berner Glasmaler Johann Heinrich Müller "neue Bleifenster mit farbigen gothischen Rändern und Giebelornamenten". Gleichzeitig wurden von ihm die vier Chorfenster "sorgfältig hergestellt und neu gefasst" (Hermann Kasser). Die heute in der Scheibe vorhandenen Ergänzungen dürften mehrheitlich von Müller stammen. Nicht auf ihn zurückführbar ist die Ergänzung im linken Säulenschaft (s. o.). Sie wurde erst im 20. Jahrhundert eingefügt.
1939 wurden die alten Glasgemälde durch Anbringen von Retuschen in Öl repariert (vgl. dazu die Inschrift bei der Standesscheibe Bern). Diese Ölübermalung geht z. T. über die Verbleiung hinweg. Erkennbar ist sie vor allem bei den vermutlich 1871 von Müller ergänzten Gläsern, die durch aufgemalten Lochfrass künstlich gealtert wurden.

Der Stand Bern dürfte seine Doppelstiftung wie Freiburg um 1516 anlässlich der Kirchenerneuerung (Turmneubau) gemacht haben (s. d.). Dass Bern und Freiburg ihre Fenster- und Wappenschenkungen nach Neuenegg um dieselbe Zeit machten, legen ihre beiden analog gestalteten Standesscheiben nahe. Aufgrund ihrer Stilverwandtschaft lassen sich diese und die Vinzenzenscheibe dem gleichen Glasmaler zuweisen. Bei ihm soll es sich laut Forschung um Jakob Meyer handeln (Lehmann 1914, Kurmann-Schwarz 1998). Die nahe Verwandtschaft der von Bern nach Neuenegg verehrten Vinzenzen- und Standesscheibe zu dessen mit Meyer in Verbindung gebrachten Doppelstiftung von 1522 in der Kirche Reitnau (Hasler 2002, Kat.-Nrn. 92, 93) scheint die Zuweisung an diesen zwar zu untermauern, um so mehr als die Jakob Meyer bezahlte Freiburger Standesscheibe in Jegenstorf von 1515 ganz ähnlich wie diejenigen in Neuenegg gestaltet ist. Jakob Meyer dürfte jedoch auch der Schöpfer von Berns Vinzenzenscheibe in der Kirche Leuzigen gewesen sein, die keinerlei Stilbezüge zu der in Neuenegg besitzt. Angesichts dieser verworrenen Ausgangslage lässt sich nicht schlüssig beantworten, ob die hier angesprochenen Glasmalereien in den Kirchen von Neuenegg und Reitnau tatsächlich von Meyer geschaffen wurden oder ob sie das Werk einer anderen, bislang nicht identifizierbaren Hand sind, die nach gleichen Vorlagen wie dieser arbeitete.

Laut der Beschreibung von Mülinens von 1881 dürften sich die beiden Bernscheiben damals im gleichen Fenster wie heute befunden haben. Ihren ursprünglichen Standort hatten sie aber vermutlich im zentralen Chorfenster, für das Louis Halter 1939 nach einem Entwurf Leo Stecks das monumentale Glasbild "Sünde und Erlösung" herstellte.