Die Baugeschichte des Basler Münsters reicht bis ins 9. Jahrhundert zurück, als eine erste karolingische Kirche errichtet wurde. Dieses wurde nach dem gleichnamigen Basler Bischof Haito benannt. Im Jahr 1006 fiel die Stadt Basel unter die Herrschaft von Kaiser Heinrich II., der den Bau eines Münsters anordnete. Dieses wurde am 11. Oktober 1019 geweiht. Nach dem schwerwiegenden Basler Erdbeben von 1356, das grosse Teile der Kirche zerstörte, begann der Wiederaufbau des Münsters (Nagel, 2019, S. 262–264). Eine erste Nachricht über Glasmalereien stammt aus dem Jahr 1323 und erwähnt die Wappenscheibe mit den heiligen Martin, Maria und Jakob, die der Domherr Conrad von Gösgen testamentarisch für die Neuenburgkapelle stiftete. Das Glasgemälde wurde 1529 zerstört. Eine weitere durch Quellen belegte Glasmalerei stammt von Bischof Friedrich zu Rhein, der um 1450 das Fenster der Mainzerkapelle über seinem Grab mit den heiligen Heinrich, Maria und dem heiligen Pantalus schenkte (Nagel, 2019, S. 262). Ebenfalls durch Quellen belegt, sind die Wappenscheiben der Familie Freuler, Fröwler (vor 1582 entstanden) und die der Familie Schaler (vor 1590). Die einzigen erhaltenen mittelalterlichen Glasmalereien sind 22 Wappenschilde aus der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts. Diese wurden in sechs Scheiben zusammengefügt und zeigen das Wappen des Basler Bischofs Johann von Vienne sowie der Markgrafenfamilie Hachberg-Sausenberg (BS_2139; BS_2140; BS_2141; VMR_181; VMR_182; VMR_183).

1597 erfolgte eine grosse Renovation. Dabei wurden zahlreiche Fenster erneuert, mit dem Ziel dem dunklen Kirchenraum mehr Tageslicht zuzuführen (Nagel, 2010, S. 264). Laut Vorbericht der Münsterpfleger Bartholomäus Merian, Andreas Ryff und Melchior Hornlocher, welche die Arbeiten zu beaufsichtigen hatten, war beabsichtigt, die Fenster im Chor gänzlich, diejenigen in Querhaus und Seitenschiffen nur teilweise zu erneuern bzw. auszubessern. Bei dieser Neuverglasung wurde sicherlich ein grosser Bestand an alten, wohl teilweise auch defekten Glasmalereien beseitigt.
Beiträge an die neuen Fenster leisteten die Erben von Lux Gebhart, Ratsherr Heinrich Lauterburg, Daniel und Andreas Ryff, Samuel Uebeli und Niklaus Heussler, Daniel Peyer, die Iselin, Hans Jacob Obermeyer sowie die Familien Frey, Krug, Burckhardt und Lichtenhahn. Sie sind namentlich in einer Aufzeichnung von 1597 genannt (Stehlin, & Wackernagel, 1895, S. 312). Mit Ausnahme der Wappenscheiben Gebhart, Ryff und Krug, die verschollen sind, und der im Historischen Museum Basel aufbewahrten Rundscheibe Uebeli/Heussler sind die übrigen sieben hochrechteckigen Wappenbilder seit 1945 wieder über die Fenster der Seitenschiffe verteilt. Die drei Münsterpfleger Merian, Ryff und Hornlocher vergaben ebenfalls je ein Glasgemälde. Auch der Schaffner Hans Konrad Wieland (1563–1629) vergab sicherlich eine Wappenscheibe (vgl. BS_18), diese hat sich jedoch nicht erhalten.
Bis in die 1850er Jahre befanden sich ausserdem grosse Basler Rundscheiben an zentralen Stellen, etwa im Zenit des Masswerks des grossen Westfensters und des mittleren Chorfensters sowie in der Nabe des Glücksradfensters und im Fenster über dem Annagrab (Nagel, 2019, S. 265). Zwei davon haben sich im Historischen Museum Basel erhalten.

Zwischen 1856 und 1860 wurde das Basler Münster mit neuen Farbverglasungen aus Werkstätten in Zürich, Paris und München ausgestattet. Anlass für diese prestigeträchtigen Aufträge, die insgesamt ein Panorama der Glasmalereikunst der frühen Jahre des Glasmalerei-Revivals in der Schweiz darstellen, war die Restaurierung des Münsters 1852–1857. Die neuen Farbverglasungen wurden als abschliessende Massnahme der Restaurierungskampagne eingesetzt, da zum einen von den historischen Glasmalereien des Münsters nur noch wenige Resten vorhanden waren (Stehlin, Wackernagel & Reese, 1895, S. 372). Zum anderen sollten die historisierenden Glasmalereien den Innenraum, der damals in einen als ursprünglich empfundenen, einheitlichen Zustand rückgeführt wurde, im Sinne einer «gänzlichen Herstellung des alten Baustyls» komplettieren (Staatsarchiv Basel-Stadt, Bau JJ 5, Brief des Baukollegiums an den Kleinen Rat von Basel-Stadt, 16. Oktober 1855). Dank grosszügiger Spenden der Basler Bevölkerung (siehe Kommission zu den Kirchenfenstern des Münsters, 1860, S. 3–8) konnten schliesslich mehr Fenster als ursprünglich geplant mit figürlichen und ornamentalen Glasmalereien ausgestattet werden.
1856 wurden im Chorumgang und im grossen Westfenster Ornamentfenster und Medaillonfenster zur Vita Christi aus dem Pariser Atelier Laurent, Gsell et Cie. (CG_64–CG_68) sowie im Chortriforium ornamentale Rundfenster aus dem Zürcher Atelier Röttinger (BS_2597–BS_2602) eingesetzt. 1857 folgten das Rundfenster mit dem Weltenrichter für das südliche Querhaus aus der königlichen Glasmalereianstalt in München (BS_2608) sowie die Ornament- und Figurenfenster im Chorobergaden aus dem Münchner Atelier von Franz Xaver Eggert (BS_2603–BS_2607). Aus Eggerts Werkstatt stammen auch die beiden 1859 eingesetzten Figurenfenster über den westlichen Seitenportalen (BS_2612 und BS_2613). Als letztes lieferte Röttinger 1860 das Rundfenster mit der Taufe Christi (BS_2608) für das nördliche Querhaus (zur Entstehungsgeschichte der Glasmalereien des 19. Jahrhunderts im Basler Münster siehe Meier, 1989; Maurer, 1990; und insbesondere Nagel & von Roda, 1998, S. 34–63; Nagel & von Roda, 2000, S. 3–17).

1898 äusserte der Kirchenvorstand der Münstergemeinde den Wunsch, die zwei Fenster der Fröwlerkapelle im südlichen Seitenschiff des Basler Münsters mit Glasmalereien zu versehen. Ihre Finanzierung war bald gesichert, jedoch beanspruchte die Suche nach einem geeigneten Projekt einige Zeit. Erst 1906 wurden die beiden Glasmalereien mit Darstellungen des Abendmahls in Emmaus und Christi Himmelfahrt (BS_2610 und BS_2611) von Clement Heaton eingesetzt (siehe dazu Nagel & von Roda, 1998, S. 63–67; Nagel & von Roda, 2000, S. 17–19).

In den 1950er Jahren wurden Eggerts Glasmalereien von 1857 für den Chorobergaden des Basler Münsters (BS_2603–BS_2607) im Rahmen einer Chorrenovation magaziniert. An ihrer Stelle setzte man eine temporäre Verglasung des Basler Glasmalers und Malers Otto Staiger (1894–1967) ein. Bereits früher war die Idee aufgekommen, den Chor mit zeitgenössischen Glasmalereien auszustatten. Jedoch wurden weder das Projekt des Basler Künstlers Charles Hindenlang (1894–1960) noch jenes des amerikanischen Künstlers Brice Marden (1938–2023), Resultate der beiden 1946 und 1979 ausgeschriebenen Künstlerwettbewerbe, umgesetzt. Die Glasmalereien des 19. Jahrhunderts wurden 1990 probeweise wieder eingesetzt und nach längeren Debatten an ihrem ursprünglichen Bestimmungsort belassen (siehe Vaassen, 1997, S. 237 und https://www.bazonline.ch/farbenkraeftig-wuerdevoll-149469938193 [31.05.2019]).

2002 schuf Samuel Buri vier Glasmalereien mit Bibelversen für die Niklauskapelle des Münsters (Ausführung Karl Isele).

Kommission zu den Kirchenfenstern des Münsters (Hrsg.). (1860). Rechnung über die Glasgemälde im Münster 1855–1860. Stuckert.

Maurer, F. (1990). Erprobungen des integralen Historismus. In B. Anderes, G. Carlen, P. R. Fischer, J. Grünenfelder, & H. Horat (Hrsg.), Das Denkmal und die Zeit. Alfred A. Schmid zum 70. Geburtstag gewidmet von Schülerinnen und Schülern, Freunden und Kollegen (S. 244–251). Faksimile.

Meier, H. R. (2019). Das heutige Münster. In Meier, H.R., Schwinn Schürmann, D., Bernasconi, M., Hess, S., Jäggi, C., Nagel, A., & Pajor Ferdinand. Die Kunstdenkmäler des Kantons Basel-Stadt, Bd. X: Das Basler Münster (S. 98–148). Bern: Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte GSK.

Meier, N. (1989). Die Basler Münsterscheiben: Zur Geschmacksgeschichte des 19. Jahrhunderts. Basler Zeitschrift für Geschichte und Altertumskunde, 89, 165–211. https://doi.org/10.5169/seals-118238

Nagel, A. (2019). Glasmalereien. In Meier, H.R., Schwinn Schürmann, D., Bernasconi, M., Hess, S., Jäggi, C., Nagel, A., & Pajor Ferdinand. Die Kunstdenkmäler des Kantons Basel-Stadt, Bd. X: Das Basler Münster (S. 262–276). Bern: Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte GSK.

Nagel, A., & von Roda, H. (2000). Die Glasmalereiausstattung des 19. Jahrhunderts. Evangelisch-reformierte Kirche des Kantons Basel-Stadt.

Nagel, A., & von Roda, H. (1998). «… der Augenlust und dem Gemüth». Die Glasmalerei in Basel 1830–1930. Basel: Christoph Merian.

Stehlin, K., & Wackernagel, R. (1895). Baugeschichte des Basler Münsters. Basel: Birkhäuser.

Vaassen, E. (1997). Bilder auf Glas: Glasgemälde zwischen 1780 und 1870. Deutscher Kunstverlag.