Das Kloster Fischingen wurde auf Anregung der Herren von Toggenburg 1133–1138 durch Bischof Ulrich II. von Konstanz gegründet. Nachdem es die Zürcher 1410 niedergebrannt hatten, stellte man es flüchtig wieder her. Die heutige Anlage geht ins 16. Jahrhundert zurück. Zum Altkloster (Westflügel) gehört der Abt-Brunner-Bau von 1577, gefolgt vom Abt-Brunschwiler-Bau von 1635, der im Süden über das ursprüngliche Geviert hinausgreift und ausser der St.-Katharinen- die Prälaten- oder Armenseelenkapelle birgt. Das Neukloster von 1753–1765 umfasst die Trakte vom NO-Risalit, der Bibliothek, über den Südflügel mit Quersaal (Iddasaal und Hauskapelle) bis zur Prälatur im SW-Risalit.
Der Bau der Klosterkirche von 1685–1687 wurde von der thurgauischen Landschreiberfamilie Reding von Biberegg finanziert und 1753 erweitert. Die nördlich der Kirche gelegene Idda-Kapelle muss seit spätestens 1496 bestanden haben. 1595 erfolgte eine Erweiterung des ursprünglich sehr kleinen Kultraumes. 1625 nahm Abt Placidus Brunschwiler eine dringliche Umgestaltung vor. 1704 erfolgte der komplette Neubau des Gebäudes (Knoepfli, 1955, S. 87–88).

1499 soll der Zürcher Bürgermeister Rudolf Escher in die Idda-Kapelle zu Fischingen eine Scheibe mit der Darstellung Iddas, welcher der Tote das Licht reicht, gestiftet haben. Um die Mitte des 18. Jh. befand sich diese Scheibe in der Bibliothek (Stadtarchiv Frauenfeld, 7.41.102; XV/11/21, Kap. 24, Nr. 4; vgl. Staatsarchiv Thurgau, Sign. 981, Dossier 1,0.3/23, Unterlagen kant. Denkmalpflege “Fischingen”). An der eidgenössischen Tagsatzung 1563 bat der Fischinger Abt Johann Heinrich Landsperger um Fenstergaben in die Klosterkirche (Eidgenössische Abschiede 4,2, S. 1021 (334); Keller, 1946, S. 83). 1564 kam zumindest Zürich dieser Bitte nach: Jos Murer erhielt 12 Pfund für den Auftrag (Hegi, 1908, S: 80f.). 1605 liess Matthias Stähelin im Kloster einen Bibliotheksraum errichten und in diesen neuen Bau stiftete der Rheinauer Abt Gerold Zurlauben 1606 eine Scheibe (Knoepfli, 1955; S. 83). Um 1620 stifteten die Stadt Wil sowie der St. Galler Abtes Bernhard Müller je eine Scheibe in das Benediktinerkloster Fischingen (Boesch, 1949, S. 31; Stiftsarchiv St. Gallen, Ausgabenbuch Bernard Müller, D 879, S. 310v). Um 1674 gelangte erneut eine Wiler Stadtscheibe, geschaffen von Hans Caspar Gallati, in das Kloster, sowie auch um 1687 in die neu erbaute Fischinger Kirche (Boesch, 1949, S. 33–4). 1686 stiftete Zürich eine bei Hans Wilhelm Wolf in Auftrag gegebene Standesscheibe (Meyer, 1884, S. 250, 332).

Im Festsaal befinden sich vier Glasgemälde von August Wanner von 1947. Den Kreuzgang schmücken zwei Glasgemälde von Karl Stadler aus den Jahren 1990/92, die Abtskapelle zwei Wappenscheiben desselben Glasmalers aus dem Jahr 1999.

Boesch, P. (1949). Die Wiler Glasmaler und ihr Werk. 89. Neujahrsblatt Historischer Verein des Kantons St. Gallen.

Hegi, F. (1908). Zürcherische Fenster- und Wappenschenkungen aus den Jahren 1563 und 1564. Anzeiger für Schweizerische Altertumskunde, 10, S. 80–81.

Keller, W. (1946). Die Benediktinerabtei Fischingen im Zeitalter der Glaubensspaltung und der katholischen Reform 1500–1700. Freiburg i.Ü.: Paulus Verlag, S. 83

Knoepfli, A. (1955). Die Kunstdenkmäler des Kantons Thurgau. Bd. II: Der Bezirk Münchwilen. Die Kunstdenkmäler der Schweiz; Bd. 34. Basel: Birkhäuser Verlag, S. 65–226.

Meyer, H. (1884). Über die schweizerische Sitte der Fenster- und Wappenschenkung vom XV. bis XVII. Jahrhundert. Frauenfeld: J. Huber.