Geboren wird Alfred Manessier im Jahr 1911 in der kleinen französischen Industriestadt Saint-Ouen an der Somme. Er studiert von 1926 und 1933 in Amiens an der Kunsthochschule Zeichnen, später in Paris an der Ecole Nationale des Beaux Arts Architektur. Im letzten Studienjahr stellt Manessier erstmals Gemälde an einer Gruppenausstellung auf dem Pariser «Salon des Indépendants» aus.
1933 bis 1935 setzt Manessier sein Studium in Malerei fort und besucht unter anderem die Académie Ranson. 1938 heiratet er Thérèse Simmonet, 1940 wird sein Sohn geboren.
Die erste Einzelausstellung findet 1949 in der Pariser Galerie Jeanne Bucher statt. Manessier nimmt zwischen 1955 und 1964 an der Documenta teil. Im Jahr 1962 wird er mit dem Grossen Internationalen Preis für Malerei auf der Biennale von Venedig geehrt.
1993 verstirbt Alfred Manessier in Orléans.

Alfred Manessier ist in seinen künstlerischem Œuvre hauptsächlich als Maler, Druckgrafiker, Kupferstecher, Designer sowie Entwerfer von Glasgemälden, Teppichen und Theaterausstattung tätig. Er gilt als einer der Hauptvertreter der École de Paris. Sein malerisches Werk entsteht aus Kubismus, Fauvismus und Surrealismus. Es ist formal gekennzeichnet durch ein Gitterschema und flächige Strukturen.
Manessier bevorzugte seit 1943 – und seit einem spirituellen Rückzug nach Soligny, den er später seine «Bekehrung» nannte – Abstraktion als Ausdrucksweise für seine Kunst. Denn, so formulierte der Künstler, die figurative Darstellung erlaube es ihm nicht mehr, sich dem Wesentlichen und der Wahrheit zu nähern. Trotzdem nimmt er in seinen Werken Inhalte religiöser oder landschaftlicher Motive auf.

Glasgemälde kreiert Manessier insgesamt für rund 30 Kirchen oder andere sakrale Gebäude, beispielsweise für die Pfarrkirche Sainte-Agathe in Les Bréseux (1948–1950), die Kirche Allerheiligen in Basel (1952), die Kathedrale St. Niklaus in Fribourg (1976–1988) oder die Evangelische Kirche Paul Gerhardt in Berlin (1980).