Das von zwei grünen Palmzweigen umkränzte Vollwappen Johann Rudolf Wurstembergers steht auf der Rollwerkkartusche mit der Stifterinschrift. Diese ist dem mit einem roten Tuch dekorierten Podium vorgesetzt. Hinter dem Wappenschild erheben sich vor farblosem Grund zwei reich geschmückte Säulen mit einem eingestellten, violett marmorierten Rundbogen, der mit einem Vorhang und am Scheitel mit einem geflügelten Engelskopf geschmückt ist. Seitlich gerahmt wird die Scheibe durch zwei einfache braune Randleisten, die oben durch einen roten Vorhang mit den inneren Säulen verbunden sind. Weil sie zu klein war, wurde die Scheibe nachträglich zu beiden Seiten und oben erweitert, indem man ihr eine in Grisaille- und Silbergelbmalerei ausgeführte Architekturrahmung mit einer Maskenkartusche im Gebälk anfügte (s. u.).

Als die Kirche Nidau 1678 grundlegend umgestaltet wurde, entschloss sich die Berner Obrigkeit, das heisst ihre deutsche Vennerkammer dazu, für den dortigen neuen Chor einen ganzen Scheibenzyklus anfertigen zu lassen. Der darauf bezügliche Eintrag im Manual der Vennerkammer vom Mai 1679 lautet folgendermassen: "Ehrenwappen in die Kirche zu Nidau und Kilchdorf. Nach derer von Nidau und Kilchdorf Anhalten haben Mgh. die Venner Ihnen bewilliget, des Standes und Mgh. dieser Vennerkammer Ehrenwappen in Ihre neu erbauten Kirchen zu setzen. Ihr Mgh. Seckelmeister werdet fründtlich ersucht, diese Wappen für beide Orte nach dem Mass der Fenster, so von jedem Ort eingegeben werden soll, machen zu lassen und zu bezahlen" (Maibach/Schwalm, S. 69). Ursprünglich sah die Vennerkammer also vor, für die Kirchen von Nidau und Kirchdorf ausser den Wappenscheiben des Schultheissen, des Seckelmeisters und der vier Venner auch das Ehrenwappen des Standes selbst in Auftrag zu geben. Im Falle Nidaus verzichtete man aber dann auf die Herstellung einer neuen Standesscheibe. Stattdessen begnügte man sich damit, die beiden 1607 in den Vorgängerbau verehrten Bernscheiben in den 1678 erstellten Chor zu übernehmen (s. d.). Der zusätzlich dazu in Auftrag gegebene Zyklus mit den Wappen der sechs genannten Amtmänner wurde 1680/81 in der Werkstatt Hans Jakob Güders geschaffen. Dies belegen zum einen dessen Monogramm auf der Scheibe von Seckelmeister Engel und zum anderen die 200 Pfund, die Güder laut der vom bernischen Vogt in Nidau 1682/83 erstellten Amtsrechnung dafür erhielt (Heinz Matile, in: Kartei Ortskatalog Glasgemälde und Kartei Künstler, Bernisches Historisches Museum). Auf die Werkstatt Güders als Produktionsort weist ebenfalls folgender Eintrag in der im Burgerarchiv Nidau erhaltenen Burgermeisterrechnung dieses Ortes von 1681 (S. 6): "wegen denen Schilden by Hrn Glasmaler Güder gewesen" (Moser 2005, S. 421, Anm. 285). Den Grund für diese Angabe bildeten wohl die Fenstermasse, welche, wie im Vennermanual von 1679 vermerkt (s. o.), die um die Scheiben bittenden Gemeinden Nidau und Kirchdorf offenbar direkt an den mit der Werkausführung betrauten Glasmaler übermittelten. Im Falle Nidaus passierte bei der Übermittlung der Masse jedoch ein Fehler. Die sechs 1680/81 von Bern zusätzlich gestifteten Wappenscheiben schuf Jakob Güder nämlich in zu kleiner Grösse. Vor ihrer Einsetzung in die Kirchenfenster fügte ihnen deshalb der Bieler Glasmaler Hans Heinrich Laubscher Randergänzungen bei. Dokumentiert ist die betreffende Anpassung in der Burgermeisterrechnung Nidaus von 1681/82 (S. 16): "Hrn. Hans Heinrich Loupscher dem Glasmahler zu Biel, obgemelte Ehrenwappen etwas grössers zu mahlen und einzufassen, deren 6 wahren" (Moser 2005, S. 81). Bei der Wappenscheibe Johann Rudolf Wurstembergers ist Laubschers architektonische Randergänzung einheitlich durchgestaltet.

Johann Rudolf Wurstemberger (1608–1693), der Sohn Hans Rudolfs des Älteren und Anna Wyttenbachs, immatrikulierte sich 1624/25 an der Universität Basel. Er war ab 1638 Grossrat zu Bern, 1639 stellvertretender Landvogt zu Saanen, 1646–1648 Grossweibel, 1648–1654 Landvogt von Avenches, ab 1657 Mitglied des Kleinen Rats, 1666–1668 Salzdirektor, 1661–1665, 1669/70 und 1677–1681 Venner zu Pfistern sowie 1670–1677 Welschseckelmeister. Als bernischer Gesandter nahm er häufig an Tagsatzungen teil. Er war dreimal verheiratet, in erster Ehe ab 1630 mit Magdalena von Wattenwyl, der Tochter des Hans Franz, in zweiter Ehe ab 1640 mit Magdalena von Bonstetten, Tochter Karls, und in dritter ab 1658 mit Barbara Kirchberger, Tochter des Niklaus. Teils über seine erste Gattin und teils über andere Beziehungen gelangte er in den Besitz von Rebgütern in Mont-sur-Rolle. Zudem erwarb er das Rebgut Mur in Haut-Vully (HLS 13/2014, S. 600; HBLS 7/1934, S. 602).
Von Johann Rudolf Wurstemberger gibt es je ein Glasgemälde in den Kirchen von Hasle bei Burgdorf (1678), Kirchenthurnen (1679) und Nidau (1680). Verschollen sind seine ehemals in den Kirchen von Gampelen (1677), Erlach (1678), Walperswil (1678), Wohlen (1678), Kirchdorf (1679) und Oron (1680) befindlichen Scheiben (Thormann/von Mülinen 1896, S. 62, 64, 72, 94f.). Bis auf die Wappenscheibe in Kirchenthurnen und diejenige, die der Bieler Glasmaler Hans Heinrich Laubscher für Oron schuf (Bourquin/Bourquin 1999, S. 238), werden alle genannten Glasgemälde Wurstembergers mit Hans Jakob Güder in Verbindung gebracht.

Laut Andres Moser befand sich Wurstembergers Scheibe vormals dort, wo heute die Scheibe Kirchbergers eingefügt ist, d. h. in Fenster s II, 2b. An dieser Stelle sah sie offenbar Egbert Friedrich von Mülinen 1893 ("im Chor rechts"). Ihm zufolge waren damals die Glasgemälde im Chor, besonders die der linken Seite, stark beschädigt sowie diejenigen im Schiff restauriert.