Inhaber der Kollatur (Patronatsrecht) von Steffisburg war vor der Reformation das Augustiner Chorherrenstift Interlaken. Bei der Aufhebung des Stifts anlässlich der Reformation trat Bern an dessen Stelle, das von nun an für den Unterhalt des Chors aufzukommen hatte. Für das Schiff blieb die Gemeinde zuständig. Die heute reformierte Kirche war einst dem hl. Stephan geweiht.
Bei den letzten Grabungen und Bauuntersuchungen von 1980–1983 konnten zwei bis ins 7./8. Jahrhundert zurückreichende Bauten nachgewiesen werden. In der ersten Hälfte des 11. Jahrhunderts entstand der Bau einer frühromanischen Dreiapsidenbasilika (vgl. Amsoldingen). Um 1320 wurde ein Turm anstelle der südlichen Seitenapsis errichtet. 1681 erfolgte ein weitgehender Neubau der Kirche unter Pfarrer Johann Jakob Freudenreich (1670–1711 im Amt). Vermutlich nach dem Konzept des Werkmeisters Abraham I. Dünz entstand aus der mittelalterlichen Basilikalanlage ein barocker Predigtsaal mit dreiseitigem Abschluss und Rundbogenfenstern. Bern unterstützte den Bau finanziell. Die Vennerkammer beschloss am 17. Mai 1681 nicht nur den Chor allein, sondern den ganzen Bau mit einem Pauschalbeitrag von 500 Pfund zu unterstützen. Mit dieser Beisteuer entband sich die Obrigkeit aller weiterer Auslagen – mit Ausnahme der Fenster und der gewohnten Ehrenwappen (Originaltext des Manuals der deutschen Vennerkammer zitiert bei Würsten 1979, S. 82f.). Die obrigkeitlichen Ehrenwappen wurden für 160 Pfund von Hans Jakob Güder hergestellt. Dies geht aus der Amtsrechnung des Thuner Schultheissen von 1681 hervor: "Denne Hr. Geüder dem Hr. Glassmahler Zu Bern, auch vermog obigen befelchs für Jhr Hr. Ehrenwappn in bemelts Chor entrichtet worden 160 Pfund" (Staatsarchiv Bern, StAB, Amtsrechnung Thun 1681/82 [B VII, 2019], vgl. Würsten 1979, S. 83f.; Eggenberger/Ulrich-Bochsler 1994). Der Schlosser Jacob Teuscher wurde für die eisernen Fensterrahmen und der Glasermeister Moser für Glaserarbeiten im Chor entlohnt: "Mr. Jacob Teüscher dem Schlosser ist bezahlt für eisene Rahmen in das Chor zu Steffissburg ... 179 Pfund 13 Batzen 4 Pfennige... Dem Mr. Moser Glaser allhier, den 12. January auch vermog befelchs MHGL ... wegen gemachter Glaser arbeit in das Chor zu bemeltem Steffissburg ... 118 Pfund 2 Batzen" (Würsten 1979, S. 84f.). Alle übrigen Arbeiten für den Neubau gingen zu Lasten der Gemeinde Steffisburg.
Bei den Renovationen im Jahr 1715 wurden unter anderem 39 Pfund für Glaserarbeiten ausgelegt. Würsten (S. 96f.) vermutete, dass man damals die Eisenrahmenfenster durch Holzrahmenfenster ersetzte. 1797 erfolgte der Einbau einer Chorempore für den Orgellettner. 1809 mussten die Fenster infolge Gewitterschadens repariert werden, und 1824/25 ersetzte man fünf Kirchenfenster nach einem Unwetter. 1847 wurden drei Fenster (auf der S-Seite?) mit Drahtgittern versehen. Bei einer umfassenden Innenrenovation 1885 setzte der Glaser Friedrich Böhme aus Bern in neun der zehn Fenster (davon nicht betroffen war das zentrale Chorfenster) im Schiff und Chor anstatt der hölzernen Oberlichter farbige, bleigefasste Gläser ein (der untere Teil der Holzfenster wurde belassen). 1895 kam es zur Umplatzierung der Orgel in den Westlettner. Der dadurch wieder frei gewordene Chor erhielt daraufhin drei neue Fenster Friedrich Berbigs. 1902/03 erneuerte man die restlichen sieben Fenster nach Entwürfen Rudolf Müngers. Bei der Innenrenovation von 1933 wurden die beiden östlichen Fenster der Südseite ausgewechselt und darin die zwölf von Louis Halter reparierten alten Wappenscheiben eingefügt. 1980–1983 erfolgte eine grosse Kirchenrenovation mit Grabungen, wobei man auch die alten Wappenscheiben versetzte.
Mindestens 17 Glasgemälde wurden 1681 in die Fenster der erneuerten Kirche gestiftet (Schiffmann 1983 nimmt an, es müssten gegen 20 gewesen sein). Jene Michel Murers von 1570 scheint damals aus der alten Kirche übernommen worden zu sein. Die von Bern bezahlten Scheiben wurden alle in die Chorfenster eingesetzt (vgl. Thuner Amtsrechnung). Die verschiedenen Renovationen (s.o.) hatten mehrfache Umplatzierungen der Scheiben zur Folge (s.o.). Bei von Mülinen 1879 und Thormann/v. Mülinen 1896 werden die Scheiben als ruinös beschrieben. 1903 wurden von den in der Kirche vorhandenen 17 alten Scheiben zwölf restauriert und fünf dem Bernischen Historischen Museum übergeben. Nach Schiffmann wurden aus der Kirche Steffisburg "bereits 1825 fünf Wappenscheiben nach auswärts verkauft" (Verweis auf Rechnung dazu, aber ohne Quellenangabe; Schiffmann 1983 (1916), S. 204).