Die ehemals dem hl. Martin geweihte Kirche Seeberg gehörte seit dem Hochmittelalter der Benediktinerabtei St. Peter im Schwarzwald. Zur Verwaltung seiner oberaargauischen Güter (darunter Seeberg) richtete das Kloster eine Propstei in Herzogenbuchsee ein. Mit der Inbesitznahme des Amtes Wangen im Jahre 1406 übte Bern von da an auch über Seeberg die hohe Gerichtsbarkeit aus. Weil seine Besitzungen im Oberaargau seit dem 15. Jahrhundert ins bernische Hoheitsgebiet eingebunden waren, entschloss sich der Abt von St. Peter 1416, das Berner Burgrecht zu erwerben und so seine dortigen Güter unter den Schutz Berns zu stellen. Als Bern anlässlich der Reformation 1528 die Propstei Herzogenbuchsee säkularisierte, war davon auch die Kirche von Seeberg betroffen. Aus Protest verkaufte der Abt von St. Peter 1529 diejenigen Teile des Seeberger Kirchenguts, die auf dem Gebiet Solothurns lagen, an diesen katholischen Stand. Infolgedessen konnte Bern das Patronat über Seeberg ebenso wie über Herzogenbuchsee und Huttwil nicht wie sonst üblich an sich nehmen. Vielmehr musste es einen Schaffner einsetzen, der in seinem Auftrag die kirchliche Aufsicht ausübte (Besetzung der Pfarrstellen). 1557 sah sich das Kloster St. Peter aber gezwungen, Seeberg und seinen anderen Besitz im bernischen Oberaargau durch Kauf an Bern abzutreten. 1559 konnte Bern auch die Seeberger Güter, die 1529 an Solothurn gekommen waren, durch Tausch erwerben. Von da an war es Patronatsherrin über ganz Seeberg (Eggenberger 2009).
Die Kirche Seeberg wurde zwischen 1514 und 1516 vollständig erneuert. Darauf Bezug nimmt die Inschrift über ihrem Haupteingang: "Ecclesia renovata est anno 1516". Die Initiative zu Erneuerung ging offenbar vom damaligen Patronatsherrn (Inhaber des Kirchensatzes) aus, das heisst vom Kloster St. Peter, das die Kosten für die Errichtung des Chores trug (die Aufsicht über den Chorneubau hatte wohl der damalige Propst von Herzogenbuchsee). Unterstützt wurde das Bauvorhaben ebenfalls von der Berner Regierung. Sie entschloss sich am 21. März 1515 dazu, "dass denen von Seeberg an iren Kilchenbuw stür geben oder der Chor gemacht werde" (Joss 1931). Der von Bern in Aussicht gestellte Beitrag dürfte für den Schiffsneubau bestimmt gewesen sein, dessen Finanzierung an sich den Kirchgenossen von Seeberg oblag (s.u.). Die damals errichtete Saalkirche mit eingezogenem, dreiseitig geschlossenem Altarhaus hat sich bis heute weitgehend erhalten.
Zu Kirchenrenovationen kam es 1708 (Joss 1931), 1805/06 (neuer Chordachstuhl), 1890, 1930/31 (neue Kirchendecke), 1979/80 (Aussenrenovation) und 1999/2000 (Totalsanierung mit Grabungen; vgl. Eggenberger 2009).