Scherzligen bildete ehemals eine Kleinsiedlung in Strättligen bei Thun. Die Scherzligkirche gehört zu den bedeutendsten der sogenannten Thunerseekirchen. Ursprünglich der Jungfrau Maria geweiht, diente sie als Wallfahrtskirche und als Pfarrkirche von Strättligen und der links der Aare gelegenen Stadtteile Thuns. Schon 762 wird eine Kirche erwähnt, die ältesten erhaltenen Bauteile gehören jedoch dem 10. Jahrhundert an (Turm). Im 11. oder 12. Jahrhundert wurde eine romanische Kirche errichtet, deren Schiff sich bis heute erhalten hat. Um 1380 erfolgte der Bau des Polygonalchores mit drei gotischen Fenstern. Zu dieser Zeit erfolgte auch die grossteils erhaltene Ausmalung der Kirche sowie die Einfügung der beiden östlichen Fenster im Schiff. Bei der Reformation 1528 unterband der Berner Rat die Wallfahrt, indem er Scherzligen als Pfarrei schloss und die Einwohner Strättligens zum Gottesdienst in der Stadtkirche Thun anhielt. Seit 1536 waren Predigten und Beerdigungen in der Kirche Scherzligen aber wieder erlaubt. Um 1570 erfolgte eine grundlegende Restaurierung: Anhebung des Schiffsbodens, Ausbruch von zwei grossen gotischen Fenstern auf der Nord- und Südseite des Chors, desgleichen von zwei Fenstern im Schiff. Weitere Renovationen sind bezeugt für: 1657 (nach Blitzeinschlag in Turm); 1757/58; 1819 Umfunktionierung des Chors für den katholischen Gottesdienst: Zumauerung der drei Chorfenster; 1924/25 (damals mit Ausnahme der beiden grossen Schifffenster Zumauerung der Fenster); 1989 Aussenrestaurierung; 2002/03 Neuverglasung der drei Chorfenster. Anlässlich dieser Chorneuverglasung wurden die Wappenscheiben von dort in die Fenster des vorderen Schiffs versetzt (Dähler 2004).