Die Kirchgemeinde Münsingen umfasste ausser Münsingen selbst Allmendingen, Rubigen, Trimstein, Konolfingen, Niederhünigen, Häutligen und Tägertschi. Seit Mitte des 14. Jahrhunderts bis zur Reformation war Münsingen Mittelpunkt des gleichnamigen Dekanats.
Die Herrschaft Münsingen befand sich um die Mitte des 16. Jahrhunderts im Besitz der zwei führenden Bernburger Hans Franz Nägeli (1496–1579) und Hans Steiger (1518–1581). Der Letztere heiratete 1567 Nägelis jüngste Tochter Magdalena (1550–1627), sodass von da an die beiden Herrschaftsrechte vereinigt waren. Nägeli und Steiger waren beide Schlossherren in Münsingen. Während Nägeli dort 1550 die mittelalterliche Burg zum "oberen" Schloss ausbauen liess (weitgehend erhalten), wurde für Johannes Steiger 1572 das "untere" Schloss errichtet (um 1838 abgebrochen).
Die heutige Kirche, ein Saalbau, wurde 1709 nach Plänen von Abraham II. Dünz erstellt. Sie hatte mehrere Vorgängerbauten (die früheste Nachricht von einem dortigen Gotteshaus stammt von 1146). Der Neubau von 1709 wurde durch den Berner Rat finanziell unterstützt. Durch Gewitterschäden gingen in den Fenstern am 15. Mai 1764, am 5. November 1768 und am 29. Oktober 1778 jeweils zwischen 450 bis 540 Butzen in die Brüche, die ersetzt werden mussten (Lüdi 1922, S. 213). Zu Umbauten kam es 1786 (Orgeleinbau), 1848 (neue Bestuhlung und Vertäfelung) und 1902 (Innenrenovation und Turmerhöhung). 1907 gab es eine Gesamtrenovation, bei der man im Schiff an Stelle einer Flach- eine Tonnendecke einbaute, die Kanzel vom Schiff unter den Chorbogen versetzte sowie den Chor durch einen Bogen vom Schiff trennte und mit einer Rippendecke versah. 1919 erhielten die drei grossen Chorfenster eine neue, die Bergpredigt Christi darstellende Farbverglasung. Dabei müssen die alten Wappenscheiben aus den Chorfenstern entfernt und in diejenigen des Langhauses versetzt worden sein. Weitere Renovationen fanden in den späten 1930er Jahren (Kirchenbestuhlung, Chorgestühl erneuert) sowie 1961 und 2014 (Erneuerung von Heizung und Boden, Neuanstrich Innenwände) statt.