Am 1. Okt. 1347 inkorporierte der Bischof von Konstanz die Kirche Heimiswil in den Burgdorfer Niederspital. Von da an gehörten sämtliche Patronatsrechte von Heimiswil der Stadt Burgdorf. 1384 gelangt Burgdorf mit dem grössten Teil kyburgischer Güter an Bern. Die vormals den Kyburgern gehörenden Herrschaftsrechte über die dortigen Landgemeinden gesteht damals Bern aber Burgdorf zu, das heisst diese Landgemeinden, darunter Heimiswil, sind seit 1385 unter Burgdorfer Herrschaft (und zwar bis 1789).
Kurz nach 1500 gelang es Jost Virlet, dem damaligen Kaplan der Kirche Heimiswil, in Italien Reliquien zu erwerben. Dies brachte der Kirche einen ungeahnten Aufschwung, sodass man sich 1504 dazu entschliessen konnte, den "kostbaren Heiltümern zu Lieb und Ehren" eine neue Kirche zu bauen (vgl. Hämmerli 1914, S. 25). Diese wurde am 10. August 1504 eingeweiht und dem Schutz der hl. Margaretha unterstellt. Vermutlich aus diesem Anlass spendete damals Burgdorf der Kirche in Heimiswil die zwei vorliegenden Wappenscheiben. 1703 wurde die gotische St. Margarethenkirche abgerissen und an ihrer Stelle unter Münsterbaumeister Samuel Jenner die heutige Barockkirche errichtet. Bis dahin war Heimiswil kirchlich Oberburg unterstellt gewesen. Mit dem Kirchenneubau von 1703 wurde Heimiswil von Oberburg getrennt, d.h. es erhielt damals eine eigene Pfarrei und ein eigenes Chorgericht. Die Kollatur blieb 1704 aber bei der Stadt Burgdorf und ging erst 1840 an Bern.