Seit altersher wurde der hl. Beatus, der Drachentöter, bei den Höhlen des Beatenbergs verehrt. Hier entstand in der Beatushöhle am See eine Kapelle, die neben Einsiedeln zu den meist besuchten Wallfahrtsorten gehörte. Nach der Reformation wurden die Kapelle und die Kirche bei der sog. trockenen Höhle, die der Bevölkerung auch als Pfarrkirche diente, auf obrigkeitlichen Befehl hin geschlossen, abgebrochen und die Höhle zugemauert. Als Ersatz wurde auf der Höhe des Beatenbergs 1534 eine hölzerne Kirche errichtet, die 1673 durch die heutige gemauerte Steinkirche unter Leitung des Kirchenbaumeisters Abraham I. Dünz ersetzt wurde. Renovationen fanden 1934 (grosse Renovation) und 1976 (Aussenrestaurierung) statt.

Die Scheiben wurden 1673/74 in den Neubau der Kirche in Beatenberg gestiftet, allein die Berner Standesscheibe scheint von der alten Kirche übernommen, restauriert und mit dem neuen Datum 1673 versehen. Von Mülinen, der 1879 die 11 Glasgemälde beschrieb, bezeichnete sie als von "geringem künstlerischem Werthe."
Die Seckelmeisterrechnungen im Oktober 1673 melden eine Zahlung für die Scheiben der Obrigkeit sowie der Herren Venner in den Kirchen Gsteigwiler, Beatenberg und Kirchenthurnen an den Berner Glasmaler Hans Jakob Güder: "Den 25sten dito Lt. befälchs bezahlt H. Johann Jacob Güder dem glaßmaler für mghrn und mhrn der Venneren Ehrenwapen in die Kirchen um Gsteyg, Beattenberg und Thurnen".
Zu den erhaltenen Scheiben des Standes und der vier Venner gesellen sich die Stiftungen des Landvogtes zu Interlaken, als Bauherrn der Kirche, und der Stadt Thun, der Talschaften Sigriswil und Habkern sowie der Kirchgemeinde Oberhofen und Hilterfingen, letztere als gemeinsame Stiftung. Es liegt nahe, alle Glasgemälde dem gut beschäftigten Berner Glasmaler Hans Jakob Güder zuzuschreiben. Ausnahmen bleiben allerdings die Scheibe der Obrigkeit, die eine Neustiftung darstellt (s. dort) und die Scheibe der Kirchgemeinde Oberhofen und Hilterfingen, die Matthias Zwirn zugeschrieben werden kann.