Des fouilles archéologiques effectuées en 1983 ont permis de découvrir les fondations d’une première église mérovingienne. En 1153, une bulle du pape Eugène III mentionne pour la première fois l’église. A l’époque romane, le chevet est entièrement reconstruit mais la nef reste intacte. Au début du XIVe siècle, le chœur est rebâti en un plan rectangulaire, un clocher-porche est ajouté devant la façade et la chapelle des Seigneurs est réaménagée. Entre 1412 et 1443, le chœur est rénové. Durant la première moitié du XVIe siècle, il est agrandi et la chapelle des Seigneurs transformée. A la Réforme, l’église passe sous le régime bernois. A partir de 1589, le culte catholique est rétabli. En 1667, ordre est donné de réparer le couvert du chapiteau devant le clocher-porche. En 1682, des barreaux sont fixés aux fenêtres pour renforcer la sécurité. A la fin du XVIIe siècle, la nef est agrandie. En 1714, la chapelle des Seigneurs est décorée de fresques par un artiste inconnu. C’est un ensemble remarquable et unique. Entre 1739 et 1741, une restauration complète est menée. Un arc en plein cintre est construit entre la nef et le choeur. En 1818, la toiture est totalement refaite comme le plafond. En 1826, une tribune est construite au-dessus de la porte d'entrée. En 1871, le clocher est réhaussé et agrandi pour accueillir une nouvelle cloche. En 1878, l'église est réquisitionnée pour le culte catholique libéral. Le 4 juin 1887, l’église est remise aux catholiques romains. En 1905, elle est restaurée par l'architecte G. Brocher dans une tendance néogothique. Dans cet esprit, l’arc en plein cintre du choeur est transformé en un arc cintré. En 1912, le clocher est réparé. Entre 1948 et 1950, l’église subit une nouvelle campagne de restauration, toutes les fresques du chœur sont recouvertes. En 1959, celles de la chapelle des Seigneurs sont restaurées. En 1970, la réfection du clocher débute. En 1983, des fouilles du chœur et de la nef précèdent des travaux de restauration de l’église conduits par les architectes E. Nierlé et H. Saboundjou. (BONNET 1984 / BRULHART 2001)

Jules Crosnier, “Le village de Confignon et la chapelle des Seigneurs”, in Nos anciens et leurs oeuvres, Genève, tome 7, 1918, pp. 10-30

Eglise de Confignon, restauration intérieure, société catholique romaine de Confignon, Perly, Certoux, Genève, 1982

Charles Bonnet, “Chronique des découvertes archéologiques”, in Genava – Genève, tome 32, Genève, 1984, pp. 58-62

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Commune de Confignon”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, pp. 330-331

Béatrice Privati, “L’église de Confignon”, in Patrimoine et Architecture, no. 3, Genève, 1997, pp. 22-23

Armand Brulhart, Confignon : origines d'un village, Genève, 2001