Des recherches archéologiques au début du XXe siècle ont prouvé l’existence d’une basilique primitive devant dater du IVe siècle et remaniée au Ve siècle. Le bâtiment a vraisemblablement été reconstruit au XIIe siècle. Après l’incendie de 1334, qui ravagea toute la ville haute, il est rénové. L’église d’aujourd’hui provient presque entièrement de celle datant du XVe siècle, à l’exception du clocher. En 1535, elle devient un lieu de prédication réformée puis est affectée à d’autres usages (boucherie, dépôt d’artillerie, réunions). Le sanctuaire est rendu au culte pendant la grande restauration de 1752-1756. En 1803, la Société économique française le donne au culte catholique. Jusqu’à l’édification de la basilique Notre-Dame en 1857, c’est la seule paroisse catholique urbaine. En 1834, les combles de l’église sont aménagés en classes pour l’école catholique. En 1873, elle passe en mains des catholiques libéraux. Des travaux de restauration sur l’ensemble du sanctuaire sont entrepris entre 1906 et 1912. En 1911, conformément à la loi de 1907 sur la séparation de l’Eglise et de l’Etat, la ville remet Saint-Germain à l’église catholique chrétienne. En 1921, elle est classée monument historique cantonal. En 1964, elle est placée sous la protection de la Confédération. Entre 1959 et 1961, Edmond Barassi dirige les travaux de restauration pour l’extérieur du bâtiment. La rénovation intérieure est réalisée entre 1962 et 1966 par Lucien Archinard. Le nouveau mobilier sculpté est l’oeuvre d’Alexandre Meylan alors que les vitraux sont réalisés par Bodjol. En 1999, l’église est à nouveau restaurée. (BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993 / BREITMEYER-WYLER-BERTINI 1990)