L’église, commandée par la Société Catholique Romaine de Saint François, est construite entre 1902 et 1904 par l’architecte E. Chevallaz. Elle remplace la chapelle provisoire érigée en 1870 par Mgr Mermillod. Elle est consacrée le 6 mai 1905. En 1935, l’architecte J. Bach construit la cure. Jusqu’en 1958, seuls des travaux d’entretien sont effectués. Entre 1959 et 1963, l’intérieur subit une restauration complète sous la direction de l’architecte G. Lacôte. Le choeur, les bas-côtés et la nef sont rénovés. A cette occasion, les vitraux sont nettoyés. En 1963, le mobilier du choeur est changé. Entre 1967 et 1971, le choeur est transformé afin de l’adapter à la nouvelle liturgie du Concile Vatican II. En 1969, la façade extérieure sud ainsi que le chevet reçoivent un nouveau crépi. Après 1985, la façade ouest est refaite ainsi que le clocher. En 1988, l’orgue est remplacé par un nouveau. En 1996, le monument est classé. En 2015, une recherche de fonds pour la restauration complète de l’édifice est lancée (BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993 / LOB-PHILIPPE 1994)

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Autour de l’axe de la rue de Carouge”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 181.

Sabine Lob-Philippe, Rapport sur la décoration de l’église Saint-François-de-Sales à Genève, DAEL, 1994.

François Walter, Une paroisse dans la ville : Saint-François de Sales (Plainpalais, Genève), Paroisse Saint-François, Genève, 2004