Nebst einigen alten Flickstücken besitzt die Scheibe zahlreiche neue Ergänzungen (Helm, Grossteil der Helmdecke, rechte Astsäule, das Eckglas unten rechts mit der Inschrift und ein Rundstück im Wappenschild (unterster Ring) sowie weitere Gläser). Technik und Zustand dieser Ergänzungen geben zu erkennen, dass sie nicht alle gleichzeitig eingesetzt wurden, sondern auf zwei Restaurierungen zurückgehen (wohl auf jene Wehrlis von 1882 sowie auf eine jüngere). Sprünge und Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Rahn hielt 1899 (S. 7f) fest, dass 1882 von der Umrahmung nur die linke Astsäule erhalten war und der Helm bereits 1822 gefehlt habe. Ausserdem sei die Inschrift modern. Die alte Inschrift war aber noch vorhanden, da Rahn sie zitiert. Sie wurde später wieder an die Scheibe angebracht.

Restaurierungen
1882 Karl Wehrli, Zürich: Vermutlich Einsetzen eines Teils der Ergänzungen. Auf Wehrlis Restaurierung bezieht sich die Inschrift unten im Fenster n II: "Renovirt 1882."

Der einem rheinischen Geschlecht entstammende Konrad von Schwalbach der Ältere (†6.3.1524) war von 1501 bis zu seinem Tod im Jahr 1524 Komtur zu Tobel. Während seiner letzten Regierungsjahre scheint er die Geschicke seines Hauses aufgrund psychischer Probleme allerdings nicht mehr selbst geleitet zu haben. Wahrscheinlich nahm zu jener Zeit sein seit 1518 als Verwalter von Tobel wirkender Ordensbruder Bernhard Koch diese Aufgabe wahr. Nach dem Ableben Schwalbachs übernahm dessen Sohn Konrad der Jüngere († 1532) das Komturamt in Tobel (Bühler, 2006, S. 497f.). Von diesem weiss man, dass er um 1520/25 in den Mittleren Hof in Stein am Rhein, den Wohnsitz des Wilhelm Peyer zu Freudenfels, eine Wappenscheibe schenkte (Hasler, 2010, S. 156).

Das Kirche von Affeltrangen dürfte vor 1508 eine Turm- und Chorerneuerung erfahren haben. Darauf weisen die von 1502 stammende grosse Glocke und die beiden 1508 sicherlich gegen Umbauabschluss vom Komtur und Schaffner der Kommende Tobel, der Kirchenherrin, gestifteten Glasgemälde (Knoepfli, 1955, S. 4).
In den Glasgemälden des Komturs und des Schaffners sind der Wappenhelm beziehungsweise Johannes der Täufer jeweils nach rechts gewendet. Dies spricht dafür, dass beide Werke ursprünglich das rechte Stück einer Doppelstiftung bildeten, das heisst einmal eine Figuren- und einmal eine Wappenscheibe als Pendant besessen haben müssten. Diese Doppelstiftungen können sich im Chor oder im Schiff befunden haben. An ihrem heutigen Platz befinden sich die Glasgemälde seit 1968, davor befanden sie sich im Schiff. Die heutigen Chorfenster entsprechen aber nicht dem ursprünglichen Zustand. Wie bei der Renovation im Jahr 1882 festgestellt werden konnte, handelte es sich bei den Fensteröffnungen des frühen 16. Jahrhunderts um Spitzbogenfenster (Rahn, 1899, S. 7; Knoepfli, 1955, S. 5).

Die beiden Glasgemälde in Affeltrangen weisen zwar unterschiedliche Rahmungen auf, entstammen aber wohl dennoch derselben Glasmalerwerkstatt. Als einziger im Thurgau tätiger Glasmaler ist in dieser Zeit Ludwig Stillhart namentlich belegt. Dessen Stil ist aber durch die Glasgemälde für das Rathaus von Ermatingen (TG_16, TG_17, TG_18, TG_19) bezeugt und unterscheidet sich von demjenigen der Affeltranger Scheiben. Deren Schöpfer bleibt unbekannt.

Die Scheibe wird genannt in:
Kuhn, 1869, S. 323.
Escher, 1883, S. 393.
Büchi, 1890, S. 30.
Rahn, 1899, S. 7f.
Herdi, 1934, S. 4.
Knoepfli, 1955, S. 6, Abb. 5.