Das Zisterzienserinnenkloster Magdenau wurde 1244 von Ritter Rudolf Giel von Glattburg gegründet und 1246 von Papst Innozenz IV. bestätigt. 1250–1854 stand es unter der Aufsicht des Klosters Wettingen. Um 1600 wurde der Konvent von Magdenau weitgehend neu errichtet.

Ein Glasgemälde aus dem Kloster befindet sich heute im Historischen Museum Thurgau (datiert 1597, TG_218). Für eine zehnteilige Scheibenfolge von 1608, die sich vormals in der Sammlung Vincent befand und heute auf verschiedene Standorte verstreut ist, zieht die Forschung mit guten Gründen das Zisterzienserinnenkloster Magdenau als Bestimmungsort in Betracht. Von den zehn Scheiben besitzen zwei die Signatur des Wiler Glasmalers Hans Melchior Schmitter, eine andere diejenige des Winterthurers Tobias Erhart (Anderes, S. 201–202; Schneider, 1971, Bd. 2, Nr. 477; Hasler, 2002, S. 123; SZ_32).
In den 1990er Jahren fertige das Engelburger Glasmaleratelier Stäubli (Heinrich Stäubli, Ernst Holenstein) Glasmalereien für vier Rundbogenfenstern des Kreuzgangs an (HS_1072; HS_1073; HS_1074; HS_1075).

Anderes, B. (1994). Stifterscheiben in und aus Magdenau. Festschrift Kloster Magdenau 1244–1994. Wolfertswil: Zisterzienserinnenkloster Magdenau.

Hasler, R. (2002). Glasmalerei im Kanton Aargau. Kirchen und Rathäuser. Aarau: Lehrmittelverlag des Kantons Aargau.

Magdenau (2005). In: Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte (Hrsg.), Kunstführer durch die Schweiz (Bd. 1, S. 400–402). Bern, Schweiz: Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte.

Schneider, J. (1971). Glasgemälde. Katalog der Sammlung des Schweizerischen Landesmuseums Zürich. 2 Bde. Stäfa: Th. Gut & Co.