Thurnen war seit 1386 bernisch und bildete einen Teil des Landgerichts Seftigen, dessen Oberaufsicht dem Venner der Pfisternzunft zustand. Bei der Reformation übernahm Bern vom Kloster Interlaken die Kollatur der Kirche von Thurnen und übertrug sie dem bernischen Amtmann in Thun, d.h. dem im Schloss Thun residierenden Berner Schultheissen. Später kam der Kirchensatz an den Venner der Berner Pfisternzunft. Die Kirchgemeinde Thurnen war sehr weitläufig und umfasste Riggisberg, Kirchenthurnen, Mühlethurnen, Kaufdorf, Rümligen, Lohnstorf, Burgistein und Wattenwil (bis 1659).
1672 beschloss die Berner Vennerkammer, die Kirche Thurnen zu erneuern. Abraham Dünz führte den Neubau 1673 aus, unter Einbezug der romanischen Nordwand und des Turmes. Die Überwachung des Baues unterstand Pfarrer Josua Hopf und Samuel Im Hof, Herr zu Gerzensee. Diese Kirchenerneuerung gab Anlass zu Fenster- und Wappenstiftungen (vgl. von Tscharner, S. 232).
1772 Einbau der Orgel; 1795 Reparatur Dach und Turm nach Blitzeinschlag; 1978 Restaurierung.
Die ursprüngliche Anordnung der Wappenscheiben lässt sich nicht mehr sicher rekonstruieren. Von Mülinens Beschreibung von 1883 lässt einiges unklar. Die Berner Standesscheibe und die Scheibe des Seckelmeisters Fischer schmückten sicher das zentrale Chorfenster. Sie sind beide etwas grösser als die vier Vennerscheiben, welche die beiden seitlichen Fenster schmückten. Die Scheibe Wurstemberger befand sich nach der Beschreibung von Mülinens auch im Chor, wohl im zweiten südlichen Chorfenster. In den vier Fenstern des Schiffes befanden sich die zwei Scheiben von Erlach, die Scheibe von Wattenwyl, die Scheibe Hopf sowie die Scheibe Kirchenthurnen (vgl. von Mülinen 1883). Bereits 1906 befanden sich alle zwölf Scheiben im zentralen Chorfenster (vgl. Kasser 1906).