Im Zentrum erscheint vor weiss gefiedertem braunem Grund das von der Mitra mit dem Muttergottesbild überhöhte Wappen des Lausanner Bischofs Johann II. von Wattenwyl (Jean de Watteville). Den Wappenschild umfangen die Infuln der Mitra, ein Palmzweig und das Pedum, dessen Krümme erneut ein Marienbild ziert (die Kathedrale Lausanne war der Gottesmutter geweiht und barg ein berühmtes Mariengnadenbild). Zur linken Seite des Schilds ist der Namenspatron des Stifters, Johannes der Täufer, dargestellt. In einen violetten Umhang gehüllt, segnet er mit seiner Rechten den Becher mit der Schlange. Ihm gegenüber steht der in ein schwarzes Mönchsgewand gekleidete hl. Bernhard von Clairvaux. In seiner Linken Buch und Abtstab haltend, führt der Ordensgründer der Zisterzienser in der Rechten einen Hund an der Kette. Dieser erschien Bernhards Mutter im Traum als Sinnbild dafür, das ihr Sohn als grosser Prediger das Haus Gottes bewachen werde. Unter Figuren und Wappen befindet sich die Stifterinschrift in einer gelben Rollwerkkartusche. Das durch die vielen Sprungbleie in seiner Lesbarkeit beeinträchtigte Oberbild zeigt links die Stigmatisation des hl. Franziskus sowie rechts in paradiesischer Landschaft weidende Tiere (Schafe, Ziegen, Kühe, Pferde etc.), über die sich aus Gewitterwolken ein Hagelschauer ergiesst. Diese ungewöhnliche Darstellung thematisiert ein vom hl. Bonaventura beschriebenes Ereignis aus dem Leben des hl. Franziskus (s. Bergmann). Nach Bonaventuras Legendenbericht soll derselbe bei seinem Aufenthalt in der Einsiedelei von Greccio von den dortigen Einwohnern erfahren haben, dass Hagelstürme ihre Felder verwüsteten und reissende Wölfe ihr Vieh vernichteten. Um diesem Unheil ein Ende zu setzen, riet er ihnen, Busse zu tun. Als die Einwohner seinem Rat folgten, wichen die Plagen. Johann II. von Wattenwyl verlieh in seiner Scheibenstiftung dem auf Bonaventuras Schilderung beruhenden Bild jedoch einen ganz neuen Sinn. Zum Verständnis dafür dient die sich über das Oberbild hinziehende lateinische Inschrift. Sie spielt auf die Büchlein oder Schriften der katholischen Lehre an, die dem Unwetter, das heisst den Gefahren der Reformation ausgesetzt sind. Nach Uta Bergmanns überzeugender Interpretation wird der durch die Reformation bedrohte alte Glaube hier durch die vom Bären, dem Wahrzeichen des protestantischen Stadtstaates Bern, angegriffene Herde symbolisiert (die durch Sprungbleie teilweise verdeckte Bärenfigur ist über dem Engelskopf im rechten roten Gebälk festgehalten). Den Gegenpol dazu bildet der Löwe, der sich auf der Seite der erschütterten Christen dem wahren Glauben zuwendet. Vor dem Gekreuzigten am Boden kauernd, richtet er hier seinen Blick auf den vor ihm knienden hl. Franziskus.

Johann VII. von Wattenwyl (Jean de Watteville; 1574–1649), Sohn des Niklaus (1544–1610) und der Anne de Grammont, stürzte bei der Genfer Escalade von einer Leiter und brach danach seine militärische Karriere zugunsten einer geistlichen ab. Er trat ins Zisterzienserkloster de la Charité bei Besançon in der Freigrafschaft Burgund ein, wo er vor 1609 Abt wurde. Auf Ansuchen durch Herzog Karl Emanuel von Savoyen wurde er durch Papst Paul V. am 10. Juni 1609 zum Bischof von Lausanne ernannt. Wattenwyl übernahm seine Diözese erst am 1. Dezember 1613 mit seinem Einzug in Freiburg. Er starb in diesem Amt zu Besançon 1649. Der Sitz des Lausanner Bischofs befand sich seit der Eroberung der Waadt durch Bern in Freiburg i. Ü. Als 1614 die Berner gegen die Anwesenheit von Jean de Watteville in Freiburg protestierten, zog sich dieser in die Franche-Comté zurück. Später liess er sich an der Murtengasse in Freiburg aber ein vornehmes Haus erbauen. Von ihm gibt es in unbekanntem Besitz ein Bildnis (Braun, Farbabb. S. 169; HLS 13/2014, S. 291; weitere biographische Angaben bei Bergmann). Nach der Inschrift war Johann VII. von Wattenwyl Graf von Lausanne und Fürst des Heiligen Römischen Reichs (die Bischöfe waren vom Kaiser in den Rang von Fürsten des Heiligen Römischen Reichs erhoben worden).
Ausser dem vorliegenden Glasgemälde von 1614 kennt man vom Lausanner Bischof Johann von Wattenwyl eine weitere Scheibe, die nach dem genau gleichen Muster gestaltet und analog berschriftet ist. Diese befindet sich in Freiburger Privatbesitz (s. Bergmann). Es handelt sich um eine 1625 geschaffene und signierte Arbeit des damals in Freiburg tätigen Glasmalers Sebastian Schnell. Diejenige von 1614 stammt hingegen von einer anderen Hand. Nach Uta Bergmann muss aber auch sie in einer Freiburger Werkstatt entstanden sein. In Frage kommen ihr zufolge diejenigen von Jost Dugo, Jost Molliet oder Peter Heidt. Die zwei genannten Scheiben müssen in Zusammenhang mit den 1613 beziehungsweise 1624 von Johann von Wattenwyl durchgeführten Bistumsvisitationen stehen. Für welche möglicherweise von der Reform bedrohten Orte derselbe seine beiden Wappenstiftungen in Auftrag gab, lässt sich allerdings nicht sagen.