Wie die Wappenscheiben in der Kirche ursprünglich angeordnet waren, lässt sich nicht mehr sicher rekonstruieren. Von Mülinens Beschreibung von 1883 lässt einiges unklar. Die Berner Standesscheibe und die Scheibe des Seckelmeisters Fischer waren sicher für das zentrale Chorfenster bestimmt. Sie sind beide etwas grösser als die vier Vennerscheiben, welche die beiden seitlichen Fenster schmückten. Die Scheibe Wurstemberger befand sich nach der Beschreibung von Mülinens auch im Chor, wohl im zweiten südlichen Chorfenster. In den vier Fenstern des Schiffes waren die zwei Scheiben von Erlach, die Scheibe von Wattenwyl, die Scheibe Hopf sowie die Scheibe von Kirchenthurnen angebracht (vgl. von Mülinen 1883). Bereits 1906 befanden sich alle zwölf Scheiben im zentralen Chorfenster (vgl. Kasser 1906).

Christoph von Graffenried (1603–1687), der Sohn Abrahams (1580–1620), trat nach Studien in Lausanne, Genf, Dijon und Paris in die Leibgarde des Prinzen Friedrich Heinrich von Oranien ein.Zurück in Bern wurde er hier 1635 Mitglied des Grossen und 1651 des Kleinen Rats. 1642–1648 amtete er als Landvogt von Nidau. 1654 war er Bauherr und 1657–1685 viermal Venner zu Pfistern. Daneben durchlief er eine militärische Karriere, unter anderem 1655 als Kriegsrat, 1659 als Kommandant der Waadt sowie 1683 als Oberkommandant der deutschen Lande. Er war dreimal verheiratet, seit 1631 mit Anna von Mülinen, der Tochter Josuas und Witwe des Sulpitius Tscharner, seit 1648 mit Barbara Augsburger, der Tochter Johann Ludwigs und Witwe Samuel Zehenders sowie seit 1659 mit Margaretha Tscharner, der Tochter Samuels und Witwe des Johann Georg von Werdt (HLS 5/2006, S. 588; HBLS 3/1926, S. 629).
Scheiben erhalten haben sich von Christoph von Graffenried in den Kirchen Habkern (1666), Ringgenberg (1671), Kirchenthurnen (1673), Gsteig (1673), Beatenberg (1673), Langnau (1674), Leissigen (ca. 1675) und Steffisburg (1681) sowie zwei im Schloss Burgistein (von 1668 und 1677). Verschollen sind die vormals im Pfarrhaus von Grosshöchstetten (1670) sowie in den Kirchen von Unterseen bei Interlaken (1675), Gampelen (1677), Sigriswil (1678) und Kirchdorf (1679) vorhandenen Glasgemälde des Stifters (Thormann/von Mülinen 1896, S. 64, 72, 86, 91). Zudem befand sich 1978 eine Wappenscheibe von Graffenrieds aus der Zeit um 1660 im Kunsthandel (Kat. Stuker 1978, Nr. 3022).

Anhand der Seckelmeisterrechnung von Oktober 1673 (Staatsarchiv Bern, Sign. B VII) lassen sich die Scheiben Berns und von dessen Amtmännern in Kirchenthurnen Hans Jakob Güder zuweisen: "Den 25sten dito Lt. befälchs bezahlt H. Johann Jacob Güder dem glaßmaler für mghrn und mhrn der Venneren Ehrenwapen in die Kirchen um Gsteyg, Beattenberg und Thurnen 236 Pfd. 13 Sch. 4 d.".
Die drei analog gestalteten Venner-Scheiben Willading, Graffenried und Kirchberger in Kirchenthurnen entsprechen den 1674 nachweislich von Hans Jakob Güder geschaffenen Venner-Scheiben in der Kirche Langnau und ebenso der Venner-Scheibe von Luternau in der Kirche Gsteig von 1673.

Von Graffenrieds Scheibe ist sowohl in einer farbigen Zeichnung als auch in einer Pause im Album des Emanuel Edmund von Graffenried (1829–1881) im Bernischen Historischen Museum dokumentiert (BHM Bern, Inv. 6202.13; 6202.87).