Die Kirche Würzbrunnen in der Emmentaler Gemeinde Röthenbach wird erstmals in einem Brief von Papst Eugen III. im Jahre 1148 erwähnt. Im 12. Jahrhundert gehörte sie dem Cluniazenserpriorat Rüeggisberg. Vor der Reformation war die St. Stephan geweihte Klosterkirche ein vielbesuchter Wallfahrtsort. Zusammen mit Rüeggisberg wurde sie 1484 dem Chorherrenstift des Berner St. Vinzenzenmünsters inkorporiert und bei der Reformation gelangte sie schliesslich in den Besitz Berns.
Das Schiff und der Chor waren wohl bis Ende des 15. Jahrhunderts durch einen Chorbogen getrennt, da die Kämpfersteine erhalten sind. Seither sind die Räume durch eine mit Zierbrett geteilte kostbare spätgotische Bretterdecke geschlossen. An der Nordwand befinden sich Reste eines freskierten Apostelzyklus aus dem Ende des 15. Jahrhunderts (Schaetzle 1966).
Nach einem Brand Ende des 15. Jahrhunderts wurde das Gotteshaus umgebaut und neu ausgestattet. Weitere Renovationen fanden in den Jahren 1727 und um 1780 statt. Von 1961–1964 erfuhr die Kirche eine Gesamtsanierung.