Verheiratet mit Valeria Merian. Johann Jakob Bachofen-Merian erbte die Bachofensche Gemäldesammlung, vermehrte sie aber nicht wesentlich oder doch nur durch Erbschaften aus dem Besitz Martin Bachofens un der Merian. Seine eigenen Ankäufe beschränkten sich auf niederländische Werke (Fischer, 1936, S. 76).

Fischer, O. (1936). Geschichte der Öffentlichen Kunstsammlung. in Festschrift zur Eröffnung des Kunstmuseums (S. 7–118). Basel: Birkhäuser.