Hans Jakob II. Nüscheler war wie Hans Kaspar Nüscheler (1615–1652) ein Sohn Hans Jakob Nüschelers des Älteren (1583–1654), der nach dem Ableben der Brüder Murer der Hauptvertreter des Stadtzürcher Glasmalergewerbes war (1636–1644 schuf er alle vom Zürcher Rat bestellten Standesscheiben). Hans Jakob der Jüngere und Hans Kaspar erlernten den Glasmalerberuf gleichzeitig beim Vater in Zürich, bei dem sie nachhaltig durch die Kunst Christoph Murers beeinflusst wurden. Nach Vollendung ihres Meisterstücks erwarben sie am 15. Mai 1640 das Meisterrecht. Bereits 1638 hatte Hans Jakob der Jüngere Aufnahme in die Saffranzunft gefunden und Barbara Bantli geheiratet, mit der er im väterlichen Haus zum Friesenberg in der Neustadt wohnhaft war. Aus ihrer Ehe ging Hans Ulrich Nüscheler (1645–1707) hervor, der wie Caspar Hirt (1632–1700) und Hans Wilhelm Wolf (1638–1710) später bei seinem Vater die Glasmalerlehre absolvierte.
Von 1645 bis zu seinem Tod war Hans Jakob II. Nüscheler der vom Zürcher Rat am meisten beschäftigte Glasmaler. Nach den Stadtrechnungen erhielt er in dieser Zeit Aufträge für insgesamt 41 Standesscheiben, die er u.a. in die Zürcher Landkirchen von Seen bei Winterthur (1648), Pfungen (1649), Ossingen (1651), Männedorf (1657), Wangen bei Dübendorf (1657) und Birmenstorf (1658) zu liefern hatte. Als Meister bildete er in seiner Werkstatt Hans Wilhelm Wolf (1638–1710) im Glasmalen aus. In der Forschungsliteratur findet sich mehrfach der Hinweis, dass sein Vater beim Antritt der Amtmannsstelle von Embrach ihm 1644 die Werkstatt übergab. Da seit diesem Jahr von ihnen in den Stadtrechnungen nur noch der Sohn als Hersteller von Zürcher Standesscheiben angeführt wird, scheint ein damaliger Wechsel in der Werkstattführung durchaus plausibel. Allerdings erhielt der Vater von der Meisenzunft noch 1645 112 Pfund für die Lieferung von Wappen ins Zunfthaus zur Waag. Er wird 1644 als 61-jähriger Amtmann seine Tätigkeit als Glasmaler demnach kaum abrupt beendet haben. Vielleicht diente er seinem Sohn bei Bedarf sogar noch über eine geraume Weile als Mitarbeiter. Hans Jakob Nüscheler der Jüngere übte seinen Beruf also über lange Jahre an der Seite seines Vaters aus (zunächst als Lehrling, ab 1640 als Meister und ab 1644 wohl als Werkstattleiter). Wie die Forschung immer wieder betont, erweist es sich denn auch als überaus schwierig, das Schaffen der beiden auseinanderzuhalten, dies umso mehr als vermutlich des öfteren gemeinsam gearbeitet wurde. So sind die meisten aus ihrer Werkstatt zwischen 1635 und 1655 hervorgegangenen Glasgemälde in der Malweise und auch in der Komposition ähnlich, indem sie die Wappen vor farblosem Hintergrund sowie eine relativ einfache Rahmenarchitektur mit zuweilen perspektivisch gezeichneten Architraven zeigen. Es ist deshalb verständlich, dass viele dieser Glasgemälde in der Forschungsliteratur nicht unter dem Namen des Vaters oder des Sohnes, sondern lediglich unter Angabe “Werkstatt der Nüscheler” laufen. Beachtung verdienen diesbezüglich die beiden ligierten, aus Majuskeln gebildeten Nüscheler-Monogramme “HINV” und “HIN”. Dem Ersteren begegnet man auf den Glasgemälden von Papst Urban VIII. und dessen Gesandten Ranuccio Scott von 1638 im Schweizerischen Nationalmuseum Zürich sowie dem Letzteren z.B. auf einem Scheibenriss von 1607 im gleichen Museum oder einer Stadtscheibe Diessenhofens von 1649 und der Scheibe der Schützengesellschaft Basel von 1651 im dortigen Schützenhaus.
Während das erstgenannte Monogramm von 1638 mit dem bislang ungedeuteten Zusatz “V” eigentlich nur Hans Jakob den Älteren Nüscheler repräsentieren kann, dürfte das andere, u.a. aus den Jahren 1607, 1649 und 1651 bekannte Monogramm auf den Vater und den Sohn zu beziehen sein. Damit stellt sich die Frage, ob Vater und Sohn Nüscheler das gleiche Monogramm möglicherweise zur Kennzeichnung ihrer Werkstatt benutzt haben.
Wie bei seinem Vater rekrutierte sich die Kundschaft bei Hans Jakob dem Jüngeren vornehmlich aus dem Raum Zürich und der Ostschweiz (St. Gallen, Toggenburg), vereinzelt aber ebenfalls aus anderen Schweizer Regionen (Basel).

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