La thématique des vitraux figuratifs de l’Église Saint-Germain d’Auxerre illustre les valeurs fondamentales de l’église catholique, retranscrites dans la prière du Credo. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons en dalle de verre dans les fenêtres de la nef principale. Le cycle commence au sud-est de l’église et suit les façades sud et nord pour se terminer au nord-est. La deuxième fenêtre (SIV) présente l’Annonciation : « Et en Jésus Christ / Son fils unique, notre seigneur / Qui a été conçu du Saint-Esprit ». La Vierge y est représentée sous les traits d’une jeune femme. Une main, sortant de nuées, venant se poser sur son front, symbolise le Saint-Esprit. À gauche de la Vierge, la présence d’une branche fleurie symbolise la prophétie d’Isaïe : « Aussi bien le Seigneur vous donnera-t-il un signe : voici que la jeune femme est enceinte et enfante un fils et elle lui donnera le nom d’Emmanuel » (Is 7.14) ; « Un rameau sortira de la souche de Jessé, un rejeton jaillira de ses racines » (Is 11.1).
Le médaillon a un diamètre de 161 cm et a été moulé en une pièce. La face externe du panneau correspond à la face inférieure de la dalle de verre lors du moulage. Elle est lisse et montre des marques de plis suggérant que le panneau a été coulé sur du textile. Des traces de peinture noire, probablement appliquée pour accentuer les traits des visages et modeler les formes, sont visibles en surface. La face interne du panneau correspond à la face supérieure de la dalle de verre ; elle est légèrement rugueuse. Le médaillon est tenu par un cadre rond métallique avec un profil en forme de « L » vissé dans la baie, qui consiste en une structure en béton armé moulé.

La surface externe du médaillon présente un réseau de fissures de rétractation de longueur et largeur variables. Elles sont perpendiculaires ou parallèles aux bords des verres. Le rebord du médaillon présente également des fissures perpendiculaires au bord de la dalle. À certains endroits, le béton est écaillé en surface, notamment autour des morceaux de verre, mais la plupart des pertes très superficielles semblent être le résultat du raclage de la dalle de verre après la prise du mortier. Les verres sont intacts et non altérés ; quelques verres montrent des traces de découpage. A certains endroits, les fers d’armature sont exposés à cause d’un faible enrobage. Ils se situent surtout dans le pourtour du médaillon. Sur le front de la Vierge, le fer d’armature est également exposé sur quelques centimètres. Les fers d’armature apparents ne sont que superficiellement corrodés.
La comparaison du constat d’état de préservation du médaillon de l’Annonciation, effectué par l’Expert Center pour la conservation du patrimoine bâti à Lausanne et le Vitrocentre Romont en 1999, avec celui réalisé par le Vitrocentre Romont en 2022 a montré que les dégradations, notamment les fissures dans le béton, ont légèrement évolué : certaines fissures se sont allongées. Elles sont principalement localisées dans les cheveux de la Vierge (à gauche) et dans les fleurs sur sa droite. Quelques nouvelles fissures sont apparues. L’état général de la dalle de verre ne s’est pourtant pas gravement détérioré. La progression des dommages semble être lente, sans détérioration drastique du béton.

Les vitraux de l’église de Saint-Germain d’Auxerre à Courfaivre (Jura) sont réalisés par l’artiste Fernand Léger en 1954 lors de la rénovation de l’église par l’architecte Jeanne Bueche. Pour l’architecte, la place du décor dans une église est prépondérante et doit être pensée en même temps que l’architecture. Elle consacre alors une grande partie du budget de la rénovation à la réalisation de grandes fenêtres colorées en technique de dalle de verre. Pour leur création, elle fait appel à nul autre que Fernand Léger qui avait auparavant conçu les fenêtres en dalle de verre de l’église du Sacré-Cœur d’Audincourt en France. La réalisation des dalles de verre est confiée à l'atelier verrier Aubert et Pitteloud à Lausanne.
Le programme iconographique de l’ensemble des vitraux figuratifs, composé de dix médaillons encadrés de panneaux rectangulaires dans les fenêtres hautes de la nef et de deux vitraux en arc plein cintre dans le chœur, est décidé entre l’architecte et le curé de l'église et élaboré en étroite collaboration avec l'artiste. Pour le curé il est important que les vitraux reflètent les valeurs profondes de la foi catholique.Celles-ci sont parfaitement illustrées dans le Credo. Cette thématique a été divisée en cinq grands thèmes : Dieu le père, la vie du Christ, le Saint-Esprit, l’Église et la Vie Éternelle. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons. Chacun est encadré de vitraux abstraits qui reprennent les motifs de fond et leurs couleurs. Le cycle commence au sud-est (SIII) et se termine au nord-est (NIII).
Les deux grands vitraux du chœur de l’église forment un cycle à part symbolisant l’Eucharistie à travers deux sujets : la Multiplications des Pains (NII) et les Noces de Cana (SII).
L'expressivité des vitraux de Fernand Léger réside dans la combinaison de symboles anciens avec des compositions abstraites. Le réseau en béton armé fait partie intégrante du dessin et renforce la lisibilité des motifs.
Les fenêtres des bas-côté sont décorées de vitraux en dalle de verre abstraits. Les dalles de verre sont montées avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton et de véritables murs lumineux.