Das Historische Museum Basel zeigt seine Sammlungsbestände in drei thematisch eigenständigen Häusern: die Barfüsserkirche, das Haus zum Kirschgarten und das Musikmuseum. Es ging aus der 1856 begründeten Mittelalterlichen Sammlung hervor, deren Ursprung in der Kunstkammer der Familie Amerbach im 16. Jahrhundert liegt. 1894 zog die Mittelalterliche Sammlung in die renovierte Barfüsserkirche ein und erhielt den Namen «Historisches Museum Basel». Zur Erweiterung der Ausstellungsflächen wurden in den Seitenschiffen Emporen eingezogen.
Das Historische Museum Basel beherbergt eine der umfangreichsten Glasgemäldesammlungen in der Schweiz. Sie umfasst rund 280 Werke des 13.–18. Jahrhunderts sowie rund 250 des 19. und 20. Jahrhunderts. Zu letzterem Bestand gehört eine Serie von 107 Wappenscheiben, die Basler Familien 1894 anlässlich der Eröffnung des Museums in der Barfüsserkirche stifteten (siehe BS_610, BS_614, BS_677, BS_694). Hinzu kommen über 200 kleinteilige Fragmente sowie die Studiensammlung von 100 Musterscheiben und Kopien des 19. und beginnenden 20. Jahrhunderts, die 1989 aus der Sammlung des Basler Gewerbemuseums angenommen wurde und sich als Dauerleihgabe im Vitromusée Romont befindet. Zu ihr gehören ein Lehrgang für Glasmalerei, viele Glasmuster (siehe VMR_931–VMR_933), originale Glasmalereien und Kopien.
Die Glasmalereien der Mitttelalterlichen Sammlung wurden zunächst im Bischofshof, einem Nebengebäude des Basler Münsters, ausgestellt. Als 1894 das Historische Museum die neu renovierte Barfüsserkirche bezog, wurden im Kirchenschiff verschiedene historische Zimmer eingebaut und deren Fenster für die Präsentation von Glasgemälden genutzt. Heute sind rund sechzig Glasgemälde in der Sammlungspräsentation der Barfüsserkirche zu sehen.

Baer, C. H. (1941). Die Kunstdenkmäler des Kantons Basel-Stadt. Bd. 3: Die Kirchen, Klöster und Kapellen. Erster Teil: St. Alban bis Kartause (Nachdruck 1982). Basel: Birkhäuser.

Fehlmann, M., & Hofmeier, T.(2018). Die Barfüsserkirche. Basler Kostbarkeiten, 39. Basel: Historisches Museum Basel.

Ganz, P. (1901). Glasgemälde. Basel: Birkhäuser.

Lanz, H. (1981). Die Neueinrichtung des Historischen Museums. In Basler Stadtbuch, 1981, S. 9–24.

Nagel, A., & von Roda, H. (1998). «… der Augenlust und dem Gemüth». Die Glasmalerei in Basel 1830–1930. Basel: Christoph Merian.

Söll-Tauchert, S. (2011). Die grosse Kunstkammer : bürgerliche Sammler und Sammlungen in Basel. Basel: Christoph Merian Verlag.