1664 wurde Seftigen vom Kirchspiel Kirchdorf in dasjenige von Gurzelen überführt. Dies bildete einen wichtigen Impuls für den zu Beginn des nächsten Jahrhunderts auf Initiative von Pfarrer Georg Langhans in Angriff genommenen Kirchenneubau in Gurzelen. 1708 konnte Langhans die Berner Obrigkeit dazu bewegen, die baufällige alte Kirche durch einen Neubau zu ersetzen. Laut geltendem Recht hatte der Staat einen Drittel und die Gemeinde zwei Drittel der Neubaukosten einer Kirche zu tragen. Wegen der grossen Armut der Gemeinde Gurzelen-Seftigen fand sich Bern aber bereit, in diesem Fall die Hälfte der Kosten zu übernehmen. Junker Hieronymus von Wattenwyl, der Schlossherr zu Burgistein, anerbot sich zudem, die andere Hälfte der Kosten zu finanzieren. In die neue, am 16. Nov. 1710 eingeweihte, nach Plänen von Vater und Sohn Abraham Dünz erbaute Kirche stifteten in der Folge sowohl Bern wie auch Hieronymus von Wattenwyl Fenster und Wappen. Kirchenrenovationen fanden 1925 und 1979–1982 statt.
Vieles spricht dafür, dass die alten Scheiben im Chor sich an ihren ursprünglichen Standorten befinden: in der Mitte oben das Staatswappen (heute Kopie, Original im BHM), darunter die zwei Wappen der für den Kirchenbau mitzuständigen Regierungsvertreter, links dasjenige des Seckelmeisters (Finanzverwalters) Alexander von Wattenwyl, rechts dasjenige des Venners des Landgerichts Seftigen Gabriel Thormann. Die beiden anschliessenden Chorfenster enthalten die Scheiben zweier Patrizier, die durch ihre Herrschaft und ihren Besitz mit Gurzelen und Seftigen eng verbunden waren. Eine sechste Scheibe, gestiftet vom Pfarrer Georg Langhans, befindet sich im Schiff der Kirche.