Die Saalkirche des späten 12. Jahrhunderts am westlichen Rand der Burgdorfer Oberstadt wurde 1401 zur Pfarrkirche erhoben. Der heutige Bau der Stadtkirche Unserer Lieben Frau entstand 1471–1490 und ist ein Hauptwerk von Niklaus Birenvogt und Lienhard Frytag. Sie birgt den kostbarsten spätgotischen Lettner der Schweiz, der 1867/68 versetzt wurde und nun als Westempore genutzt wird. Eine umfassende Restaurierung fand 1968/69 statt.

Laut den Chronisten (Aeschlimann) gab es ob der Südpforte, in den Kapellen und im Chor Glasmalereien mit Mariendarstellungen, dem Berner und Burgdorfer Wappen (mit Engeln), Bischöfen und Heiligen, sowie eine Wappenstiftung des Kirchherrn von Lützelflüh aus der Zeit um 1479 und eine zusammen mit dem Altar gestifetete Scheibe Michel-Spielmann in der vorderen Kapelle von ca. 1490.
Durch ein Hagelwetter am 31. Juli 1708 wurden die in die nördlichen Fenster der Kirche Burgdorf gestifteten Scheiben zerschlagen, darunter auch eine Madonnenscheibe (im Chor?) (Aeschlimann 1847, S. 113, 194, 214). Laut Chronist Johann Rudolf Gruner richtete der Hagelsturm von 1708 in der Kirche Burgdorf an den Fenstern für 1000 Pfund Schaden an, wobei "sonderlich die schön gemahlten Fenster im Chor zerschlagen (wurden), welche über 200 Jahr da gewesen,..." (vgl. Sterchi 1913; Frutiger 1974, S. 153).
Nach dem Hagelwetter von 1708 wurden die Nord-Fenster neu verglast, wobei Überreste der alten Glasmalereien hinter das Ratsherrengestühl des Nordschiffs fielen und bei Ausgrabungen im Jahr 1968 wieder zum Vorschein kamen. Die restlichen alten Glasmalereien, die den Hagelsturm überstanden hatten, wurden bei der Restaurierung der Kirche im Jahr 1769 zerstört. Die Mehrzahl der über 100 Glasmalereifragmente befinden sich im Besitz des Schlossmuseums Burgdorf. Die grössten Fragmente wurden 1971 in der Sakristei der Stadtkirche eingesetzt (u.a. Madonnenkopf).
Unter den ausgegrabenen Fragmenten finden sich: Arm des Christuskindes, Strahlenkranz, Greisenkopf, Wappen Zunft zu Schuhmacher, Wappenfragment Burgdorf, Gewand- und Architekturfragmente, Jahreszahlbruchstücke etc. Dank dieser Jahreszahlfragmente können einige der zerstörten Scheiben ins beginnende 16. Jahrhundert datiert werde. Andere Fragmente stammen von Arbeiten der Zeit vor 1500.

Johann Rudolf Aeschlimann, Geschichte von Burgdorf und Umgegend, Zwickau: Comm. Richter [1847] (URL: http://www.e-rara.ch/doi/10.3931/e-rara-18007; 19.04.2016).

Johann Rudolf Gruner, Berner Chronik 1701–1761, hrsg. von J. Sterchi, in: Blätter für bern. Geschichte 1913.

Max Frutiger, Die Gotthelf-.Kirche in Lützelflüh. Bilder und Begebenheiten aus ihrer Vergangenheit, Lützelflüh 1974.

Zita Caviezel, Georges Herzog, Jürg A. Keller u. Ursula Maurer (2006). Burgdorf, in: Basel-Landschaft, Basel-Stadt, Bern, Solothurn. Kunstführer durch die Schweiz. Bern: Ges. für Schweizerische Kunstgeschichte, S. 533–535.