Seit der Reformation von 1528 als Keller benutzt, wurde die Nydeggkirche in Bern 1566 wieder eröffnet, was Anlass zu Fenster- und Wappenstiftungen bot. 1572 lieferte Gabriel Gut zwei grosse, heute nicht mehr vorhandene Wappenfenster in die Kirche. 1668 erhielt der Bau erneut mehrere Scheiben, von denen einige noch erhalten sind.
1810/11 kam es zu einer Innenrenovation der Kirche, bei der man auch Glasgemälde restaurierte. 1908 stellte die Berner Regierung die noch existierenden dreizehn alten Scheiben unter Denkmalschutz. Bei der Neuverglasung des Langhauses 1929 wurden diese Scheiben in den Chor- und Schifffenstern neu zusammengestellt. Als man die Kirche 1951–1953 grundlegend sanierte, wurden sie erneut umplatziert. Damals gelangten die meisten alten Scheiben sowie diejenigen aus dem 19. Jahrhundert in die neu verglasten Südostfenster des Langhauses sowie einige davon ins Fenster des Pfarrzimmers (Hofer/Mojon 1969).