La commune de Genthod est réformée en 1536. A la révocation, elle devient une paroisse isolée en plein territoire redevenu catholique. Le premier sanctuaire du XVIe siècle tombe en ruine. Il est remplacé en 1648 par un nouveau. En 1819, on lui ajoute un clocher. En 1867, la vétusté du temple oblige le Conseil municipal à accepter une reconstruction. Un concours pour ce nouvel édifice est ouvert le 21 février. Les architectes H. Junod et E. Cramer gagnent le premier prix. Entre 1867 et 1869, l’ancien temple est entièrement démoli et remplacé par la nouvelle construction. C’est un bâtiment de style néo-gothique. La première prédication a lieu le 25 avril 1869. Grâce à un manuscrit découvert dans le poinçon du temple lors de la restauration du clocher en 1985 et qui donne la liste détaillée des différents architectes et artisans ayant participé à sa réalisation, nous savons que l'auteur des vitraux est le verrier Jakob Melchior de Cologne. Au début du XXe siècle, la rosace et les vitraux de la nef ont été remplacés par de nouvelles verrières qui sont probablement l'oeuvre de l'atelier genevois Enneveux et Bonnet.
En 1915, les orgues sont inaugurées. En 1926, la décoration intérieure est simplifiée et remplacée par une nouvelle d’après le projet de l’architecte E. Fatio. En 1938, E. Hermès crée une fresque représentant le bon Samaritain, placée au-dessus de la chaire. En 1970, l’intérieur est restauré et les dernières traces de la polychromie d’origine disparaissent. En 1985, des travaux d’entretien sont effectués sur la tour et le clocher qui possède la plus ancienne cloche de la campagne genevoise. Elle date de 1421 et provient de l’église de Ballaison. Elle fut ramenée comme butin de guerre par les troupes genevoises en 1589. (SALADIN 1869 / GEISENDORF-DOMINICE 1955 / FATIO-MAYOR 1988 / FUOG 2017)

Ernest Saladin, Souvenirs des deux temples de Genthod (1648-1869), Cherbuliez, Genève, Paris, 1869

Robert Maes, L’art dans les temples des cantons de Genève et Vaud, Architecture, Vitraux, Décoration, mémoire de licence polycopié, Université de Genève, faculté de théologie, Genève, 1940, pp. 68-70

Paul Geisendorf et Max Dominicé, “Genthod”, in Temples de la campagne genevoise, église nationale protestante, A. Jullien, Genève, 1955, pp. 34-37

Pierre Bertrand, “Inventaire des monuments et des sites classés dans le canton de Genève”, in Genava – Genève, tome 5, Genève, 1957, p. 42

Guillaume Fatio et Jean-Claude Mayor, Histoire de Genthod et de son territoire, Mairie, Genthod, 1988, pp. 198-211-276-277

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Genthod”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 396

Fuog, A. (2017). Restauration du temple de Genthod. le messager, 1, 2

Trümpler, S. et Wolf, S. (2018). Temple de Genthod (GE) : Vitraux et rosace, état et mesures de conservation, Vitrocentre Romont, Romont, p. 1