Cette église, construite en 1972, est l'œuvre des architectes W.-C. Francesco, G. Paux et J. Vicari. Le 9 juin 1973, Mgr Bonifazi procède à la bénédiction. Le caractère sculptural et moderne de cet édifice contraste fortement avec la nature et les constructions rurales avoisinantes. L’organisation intérieure de l’espace sacré se fonde également sur les oppositions. Au lieu que l’espace s’élève vers le choeur, celui-ci se dégage vers l’une des faces latérales. Les apports de lumière proviennent des rares ouvertures et créent des contrastes presque sculpturaux. Les deux vitraux de Cingria, créés pour la chapelle de la commune, sont déposés dans cet édifice moderne. Celui dédié à Notre-Dame de Ré a été exposé, sur invitation, dans la chapelle du pavillon suisse à l’exposition internationale des arts décoratifs de Paris en 1925 avant d’être posé dans la chapelle de Perly. (CINGRIA 1926 / GANTER 1976 / BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993 / CHAROLLAIS-LAMUNIERE-NEMEC 1999)
Alexandre Cingria, lettre à l’évêque datée du 23 février 1926, AEVF, dossier Genève – Confignon, carton no. 20
Jean-Bernard Bouvier, Alexandre Cingria,:peintre, Mosaïste et verrier, Mont-Blanc, Genève, 1944 / Hélène Cingria, Alexandre Cingria : un prince de la couleur dans la Genève du XXe siècle, Ed. générales, Genève, 1954, p. 96
Edmond Ganter, Confignon : notes d'histoire, Commune de Confignon, Genève, 1976, p. 124
Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Commune de Perly-Certoux”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 320
Isabelle Charollais, Jean-Marc Lamunière et Michel Nemec, “Eglise catholique de Perly”, in L’architecture à Genève, 1919-1975 : description, DAEL, Payot, Lausanne, 1999, p. 575