Johann Wäber wurde als Sohn des Eisenschmieds Sulpiz Wäber und der Claudia Kessler in Freiburg geboren. Er war damit ein jüngerer Bruder oder Halbbruder des Glasers Ludwig Wäber. Johann Wäber ehelichte um oder vor 1628 Anna Adam, mit der er zwischen 1629 und 1639 sieben Kinder zur Taufe brachte. Am 28.5.1630 erwarb Johann Wäber das heimliche Bürgerrecht mit seinem väterlichen Haus in der Lausannegasse. Der Glasmaler übte keine politische Tätigkeit aus und diente einzig 1637/38 als Bannwart im Pérolles-Wald, vernachlässigte jedoch sein Amt aus Krankheitsgründen. Er verstarb an seiner langjährigen Krankheit schon im Juni 1640 in relativ jungem Alter von 38 Jahren. Johann Wäber war als Glasmaler Mitglied der Lukasbruderschaft, war wie sein Vater und Bruder aber auch bei den Krämern zünftig. Vor allem 1622 und 1623 sowie 1639 und 1640 lieferte der Glasmaler ganze Serien von Wappenscheiben für den obrigkeitlichen Vorrat. 1627 unterschrieb Johann Wäber einen Vertrag mit dem Rats- und Kammerherren des Herzogs von Savoyen, Louis de Rochefort und verpflichtete sich darin, die Glasfenster des herzoglichen Schlosses und der Schlosskapelle von Chambéry regelmässig zu unterhalten. Er kam seiner Aufgabe aufgrund seiner Krankheit und anderer Umstände aber nicht nach, denn 1635 verwendete sich der Freiburger Rat für den Glasmaler, damit dieser seine Arbeit fortsetzen konnte. Er war in Chambéry jedoch schon 1629 durch Toussaint Heurteur ersetzt worden. Signierte Arbeiten Johann Wäbers sind nicht bekannt. Aus den Jahren 1622 und 1623 haben sich jedoch zwei nahezu identische Standesscheiben erhalten, die aus der seriellen Produktion des Glasmalers für die Obrigkeit stammen dürften. Sie zeugen von den künstlerischen und technischen Fähigkeiten Johann Wäbers und gelten als Grundlage weiterer Zuschreibungen an den Meister.