Die Geschichte der Öffentlichen Kunstsammlung Basel reicht bis ins 17. Jahrhundert zurück. Mit dem Ankauf des Amerbach-Kabinetts, einer humanistisch geprägten Privatsammlung, gelangte Basel im Jahr 1661 als erstes städtisches Gemeinwesen in den Besitz einer Kunstsammlung. In diesem Jahr hatte dem Amerbachschen Kabinett der Abgang nach Amsterdam gedroht. Der Rat der Stadt Basel sowie die Universität kauften die Sammlung für die hohe Summe von 9000 Reichstalern an. 1671 wurde das Kunstkabinett im Haus «zur Mücke» nahe dem Münsterplatz als eine der besonderen Sehenswürdigkeiten der Stadt der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.
1823 stiess zur Amerbachschen Kunstsammlung, bereichert durch einzelne Zuwendungen des Rates und privater Schenker, das vom Rechtsgelehrten Remigius Faesch (1595–1667) angelegte Museum Faesch. Die Raumnot konnte 1849 durch den Umzug in den spätklassizistischen Vielzweckbau von Melchior Berri an der Augustinergasse gelindert werden (heute Naturhistorisches Museum). Die Kataloge der Öffentlichen Kunstsammlung, die ab 1849 erschienen, verzeichneten nur in den ersten Jahren (Kataloge 1849, 1850, 1860) wenige Glasgemälde, die aber später nicht mehr aufgeführt wurden (obwohl sich einzelne Glasmalereien in der Sammlung befanden). 1887 wurden rund zwanzig Wappenscheiben dem Historischen Museum Basel übergeben. Scheibenrisse hingegen wurden in den Katalogen von Beginn an mehrere aufgeführt und deren Bestand stetig erweitert.
1936 konnte der neu errichtete Bau der Architekten Rudolf Christ und Paul Bonatz am St. Alban-Graben bezogen werden.

Catalog der Öffentlichen Kunstsammlung der Stadt Basel (1849). Basel: J. J. Mast.

Fischer, O. (1936). Geschichte der Öffentlichen Kunstsammlung. in Festschrift zur Eröffnung des Kunstmuseums (S. 7–118). Basel: Birkhäuser.