Entstand aus dem 1872 gegründeten Verein für die Mittelalterliche Sammlung und für Erhaltung baslerischer Altertümer (seit 1892 Verein für das Historische Museum). 1894 Einzug in die Barfüsserkirche. Zum Museum gehören folgende drei thematisch eigenständige Häuser: Barfüsserkirche, Haus zum Kirschgarten und Musikmuseum.