Das Rundfenster mit dem Auge Gottes (auch Auge der Vorsehung) nimmt die zentrale Position im Chor ein. Während das Auge ein Symbol für die Allgegenwart Gottes ist, verweist das Dreieck auf die Trinität. Das Fenster ist Teil eines Zyklus, der vom bekannten Glasmaler Johann Jakob Röttinger (1817–1877) geschaffen und 1876 aus Anlass der Neuerrichtung des Kirchenschiffs eingesetzt wurde (Scheiwiller-Lorber, 2014, S. 324). In den drei Rundfenstern im Chor sowie in den Bogenausmündungen der acht Schifffenster, die ansonsten wie die Chor- und Emporenfenster eine einfache, gelb eingefasste Rautenverglasung aufweisen, sind Medaillons mit farbig gestalteten christlichen “Monogrammen” (Symbole, Bilder und Buchstabenfolgen) untergebracht. Mit Schwarzlot bemalt und hauptsächlich in den Farben blau, rot und gelb gehalten, zeichnen sich die Medaillons in Herdern durch kräftige Farbkontraste aus. Als “Chiffren” der Heilsgeschichte wurden solche Monogramme im dritten Viertel des 19. Jahrhunderts oft in katholischen Kirchen angebracht und häufig in ähnlicher Art ausgeführt. Ein Grund dafür liegt darin, dass es sich um eine kostengünstige Variante der Fenstergestaltung handelte. Vergleichbare Glasmalereien von Röttinger befinden sich bspw. in der katholischen Pfarrkirche von Alterswil FR (Scheiwiller-Lorber, 2014, S. 168–172). Womöglich handelt es sich bei den Glasfenstern der katholischen Kirche St. Sebastian um das letzte Werk Johann Jakob Röttingers.

Die Chorfenster liessen der damalige Pfarrer Kurz und seine Schwester Anna auf eigene Rechnung für 325 Fr. erstellen (Katholisches Kirchgemeindearchiv Herdern, B 17.2.05). Joseph Ignaz Kurz aus Warth, Sohn des Johannes, Küfer, und der Lenz Anna Maria, hatte in München, Tübingen und Freiburg im Breisgau studiert und war am Priesterseminar in Solothurn ausgebildet worden (Ordination am 19. Juli 1863). 1863–1865 war er Pfarrer in Aadorf, 1865–1891 in Herdern (StATG, 8'619, Kurz). Während seiner Amtszeit wurden die Kirchen von Aadorf und Herdern neu erbaut. Die Fenster in Aadorf hatte ebenfalls Röttinger hergestellt (Katholisches Kirchgemeindearchiv Herdern, B 17.2.05).

Röttinger teilt Pfarrer Kurz am 28.2.1875 die Preise und Zahlungsbedingungen mit, und gibt an, in welchen Kirchen im Kanton Thurgau er bereits Arbeiten ausgeführt hat. Am 17.12.1875 fordert er den noch fehlenden Betrag von 25 Fr. für die Eisenrahmen der drei Chorrosetten ein. Am 9.8.1876 spricht er sein Bedauern darüber aus, die Umänderung von zwei Chorrosetten wegen Arbeitsüberlastung noch nicht vorgenommen zu haben und verspricht, die Arbeit bis Ende des Monats auszuführen (Katholisches Kirchgemeindearchiv Herdern, B 17.2.05).
1878 steht Pfarrer Kurz mit der Mayer’schen Kunstanstalt für kirchliche Arbeiten in München betreffend zweier “Rouleaux” in Kontakt. Anstelle dieser Rouleaux, die wohl die beiden blankverglasten Chorfenster (n II, s II) abdunkeln sollten, offeriert man ihm zwei Glasmalereien (Maria Immaculata und Joseph), die zwar teurer, aber um einiges beständiger seien als Rouleaux. Es scheint zu keinem Auftrag zu kommen (Katholisches Kirchgemeindearchiv Herdern, B 17.2.05).