Au début des années 1940, la population de la commune de Nendaz a presque doublé depuis le début du siècle. L’église, située à Basse-Nendaz, nécessite depuis la fin des années trente des travaux de restauration et devrait être agrandie. Un comité à caractère consultatif se réunit pour étudier la question. L’architecte, Lucien Praz, natif de Haute-Nendaz et membre du Groupe romand de la Société Saint-Luc depuis 1934 (Groupe romand de Saint-Luc, 1934), présente un projet d’agrandissement. La paroisse de Nendaz étant l’une des plus grandes du diocèse, l’idée de son fractionnement est évoquée par certains villageois de Haute-Nendaz, avec une décentralisation des lieux de culte. Ils souhaitent construire un sanctuaire dans leur commune. En février 1943, Mgr Biéler, évêque de Sion, accorde l’autorisation de bâtir (Germanier, 2000, p. 3, 6). Malgré une économie exsangue, la guerre ayant succédé à la terrible crise des années 1930, la population répond favorablement au financement de la construction. Un emplacement est très rapidement choisi. L’étude du projet et la surveillance des travaux sont confiées à Praz (Germanier, 2000, p. 8), très actif dans le canton et auteur, entre le milieu des années 1920 et le milieu des années 1930, de plusieurs bâtiments religieux du diocèse, dont les églises de Chamoson (1927-1929), Herbriggen (1928), Noës (1931), Fully (1934) ainsi que de l’agrandissement du sanctuaire de Savièse (1933-1935) (Biffiger et Beytrison, 2012, p. 420, 429, 448, 452, 513). Il est un représentant de la "Nouvelle tradition", courant qui prône l’adaptation de l'architecture moderne à la tradition locale, en utilisant notamment des matériaux du pays (Zbinden, 2016, 29 novembre).
La première pierre est bénite par Mgr Biéler le 11 juillet 1943 (Germanier, 2000, p. 9). Tous les habitants du village participent à la construction pendant leur temps libre, et parfois même le dimanche. Les premières messes sont dites dans un bâtiment sans toit ni fenêtre, été comme hiver. De nombreux problèmes extérieurs retardent l'avancement des travaux, comme la mobilisation durant la Seconde Guerre mondiale ou les travaux de construction des barrages dans la région (Église de Haute-Nendaz, s.d.). Le toit est posé en automne 1944 et en mai 1945, le gros-œuvre est presque achevé. S’ensuivent l’éclairage et le mobilier, clocher excepté. La question de la décoration intérieure devient alors centrale. La paroisse fait appel à un artiste valaisan déjà très expérimenté, Paul Monnier, qui réalise l’ensemble des vitraux de l’église entre janvier et avril 1946, en collaboration avec l’atelier lausannois Chiara. En été 1947, alors que Lucien Praz vient de décéder, Monnier exécute la peinture murale du chœur, illustrant une légende locale de saint Michel et du Lapey de Dzerjonne. Elle raconte que Lucifer, jaloux de la prospérité des villageois de Haute-Nendaz grâce à la culture de champs fertiles, a fait rouler sur leurs terres des pierres. Les villageois, alertés, firent sonner la cloche de la chapelle Saint-Michel, appelant à l’aide le saint patron du village. Le son de la cloche, perturba les « diablats » qui poussaient les pierres et les incita à les abandonner en tas au milieu de la forêt, qui devint un pierrier appelé Lapey Dzerjonne (Germanier, 2000, p. 12, 14, 16, 17). Monnier termine les travaux de décoration par la réalisation du chemin de croix en émail dont les stations sont disposées par paire sur les murs de la nef à hauteur des vitraux, formant avec eux un ensemble stylistiquement homogène.
Il faut encore plusieurs années pour achever les derniers travaux : l’aménagement intérieur, la pose du plafond dont le sculpteur Sparh décore les solives transversales, la réparation du toit suite à des infiltrations et la pose de nouveaux bancs. Le clocher est mis en chantier au printemps 1948. Les habitants sont à nouveau sollicités pour la création des cloches, qui sont consacrées le 10 septembre 1950 par Mgr Biéler. Elles proviennent des fonderies d'Aarau. En 1952, Mgr Biéler souhaite que les derniers travaux autour de l’église, à l'instar du cimetière et de la cure, soient réalisés avant la consécration (Germanier, 2000, p. 19, 21). Le 19 juillet 1953, huit ans après son ouverture au culte, le nouvel évêque de Sion, Mgr Adam, consacre l’église (M., 1953, 15 juillet).
Biffiger, S. et Beytrison, I. (2012). Savièse. Dans Société d’histoire de l’art en Suisse (dir.), Guide artistique de la Suisse (tome 4b, p. 420-421). Berne, Suisse : Société d’histoire de l’art en Suisse.
Biffiger, S. et Beytrison, I. (2012). Sierre. Dans Société d’histoire de l’art en Suisse (dir.), Guide artistique de la Suisse (tome 4b, p. 422-429). Berne, Suisse : Société d’histoire de l’art en Suisse.
Biffiger, S. et Beytrison, I. (2012). Chamoson. Dans Société d’histoire de l’art en Suisse (dir.), Guide artistique de la Suisse (tome 4b, p. 448-449). Berne, Suisse : Société d’histoire de l’art en Suisse.
Biffiger, S. et Beytrison, I. (2012). Fully. Dans Société d’histoire de l’art en Suisse (dir.), Guide artistique de la Suisse (tome 4b, p. 452). Berne, Suisse : Société d’histoire de l’art en Suisse.
Biffiger, S. et Beytrison, I. (2012). St. Niklaus. Dans Société d’histoire de l’art en Suisse (dir.), Guide artistique de la Suisse (tome 4b, p. 413-514). Berne, Suisse : Société d’histoire de l’art en Suisse.
Eglise de Haute-Nendaz. (s.d.) Architecture & monument. Nendaz. 4 vallées. https://www.nendaz.ch/fr/P75686/eglise-de-haute-nendaz
Germanier, S. (2000, p. 1-22). Histoire de la construction de l’église de Haute-Nendaz. Dans : Eglise et chapelle Saint-Michel de Haute-Nendaz (p. 1-22). Nendaz, Suisse, Nendaz Panorama.
Groupe romand de Saint Luc (1934, 25 décembre). Liste des membres au 25 XII 1934. Archives d’Etat de Lucerne, PA 378/70.
M., R. (1953, 23 juillet). Echos de la vie valaisanne. Consécration d'église. La Liberté. www.e-newspaperarchives.ch/?a=d&d=LLE19530723-01.2.13
Zbinden, R. (2016, 29 novembre). Valais : l'église de Noës classée au niveau cantonal. Cath.ch. https://www.cath.ch/newsf/valais-leglise-de-noes-classee-niveau-cantonal/