Le monastère est situé sur les falaises surplombant la Sarine, non loin de la cathédrale. Il est bâti sur le terrain donné par Jacques de Riggisberg à l’ordre des Franciscains de Bâle en 1256. Ce legs marque l’installation des frères mineurs dans la ville de Fribourg. Le monastère comprend une église et les bâtiments conventuels organisés autour du cloître.
Il ne reste rien du premier programme architectural, achevé au XIIIe siècle et partiellement détruit par un incendie en 1275. Les supérieurs de la confrérie modifient successivement le décor et l’architecture jusqu’au XXe siècle, pour les adapter aux goûts artistiques des différentes époques et aux besoins du monastère.
Ainsi les bâtiments conventuels ont été entièrement rebâtis au XVIIIe siècle. Leurs plans et leurs architectures sont caractéristiques des ordres mendiants qui prônent la sobriété. Ils s’élèvent sur quatre étages, dont le dernier est un ajout du XXe siècle. La façade est blanche, rythmée par les fenêtres. Le seul décor provient du pourtour des fenêtres réalisées en molasse fribourgeoise (grès vert), laissé apparent. Seule la façade du bâtiment nord est différente. Les fenêtres sont assemblées par groupe de trois, dont celle du centre est plus grande.
La partie la plus ancienne encore conservée du monastère est le chœur de l’église. Celui-ci est de style gothique. Il est construit autour de 1300 à la suite de l’incendie qui avait ravagé l’église. Le chevet est à cinq pans, chacun percé d’une fenêtre en ogive.
L’église est de taille modeste, dépourvue de transept, avec une nef large à plafond plat permettant d’accueillir une nombreuse communauté de fidèles. La nef est reconstruite en 1745 après les travaux sur les bâtiments conventuels. Ce sont les derniers gros travaux entrepris sur les bâtiments, les suivants n’étant que des travaux de réfection du décor et d’entretien. Ainsi le plafond de l’église est refait en 1814, lorsqu’il menace de s’écrouler. Le décor date donc de cette période. Les bas-côtés de l’église sont pourvus d’une succession de petites chapelles, comprenant chacune un retable baroque. Le chœur accueille le célèbre retable du maître à l’œillet, réalisé en 1479 par deux artistes suisses. Ce retable est enlevé lors de la rénovation de l’église au XVIIIe siècle dans le style baroque et remplacé par un maître autel. À cette époque, la nef ainsi que la façade de l’édifice sont entièrement reconstruites par l’architecte fribourgeois Hans Fasel.
Au XIXe siècle, l’église fait à nouveau l’objet d’un programme de modernisation de son décor. De nombreuses œuvres baroques sont alors remplacées par des œuvres néogothiques qui seront par la suite supprimées lors des travaux de 1936. Cette rénovation initiée par l’abbé Maurice Moullet est confié au groupe de Saint-Luc. Le groupe, fondé par Alexandre Cingria, rassemble des artistes ayant pour objectif de donner à l’art sacré une nouvelle impulsion en revisitant les thèmes classiques de l’iconographie catholique.
L’église est à nouveau restaurée entre 1974 et 1991. Les travaux sont dirigés par l’architecte Thomas Huber et suivis par Alfred A. Schmid, président de la commission fédérale des monuments historiques. Dans la quête d’authenticité, les programmes décoratifs postérieurs au XVIIIe siècle sont sacrifiés pour être remplacés par un décor jugé plus en accord avec le retable du maître à l’œillet et l’architecture de l’église. En reconstitue, entre autres, les remplages manquant aux fenêtres du chœur gothique et dépose le vitrail en dalle de verre d'Alexandre Cingria installé en 1938 dans la fenêtre centrale.

« La restauration de l'église était donc guidée par la volonté ferme de mettre en évidence les valeurs authentiques de l'intérieur, d'y introduire les modifications demandées par la récente réforme liturgique tout en évitant des conflits, et de réserver par la création de l'autel de célébration nouveau et, plus tard, des vitraux prévus au chœur une place appropriée à l'art contemporain.» (Rudaz 1997, p. 10). Cette dernière volonté n’a pas été réalisée jusqu’à présent.

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