Um 1200 gaben die Herren von Klingen ihre Stammburg Altenburg bei Märstetten preis und errichteten einen Neubau an jetziger Stelle. Nach 1395 (Aussterben des Geschlechtes) in verschiedenen Händen. 1586 erwarb Junker Leonhard Zollikofer von St. Gallen das Schloss und stiftete zusammen mit zwei Brüdern ein Fideikommiss. Neubau zweier im rechten Winkel zueinander gestellter Staffelgiebelhäuser.
In der 1. Hälfte des 19. Jh. wurde das Schloss infolge einer Restauration seiner ganzen Ausstattung beraubt. 1864 wurde dann auf Beschluss des “Curatoriums” ein Familienmuseum eingerichtet, d.h. von da an kam eine stattliche Sammlung von Altertümern zusammen (Täfer, Möbel, Öfen, Stickereien, Bildnisse, Glasmalereien). Die Glasgemäldesammlung umfasst über 50 Scheiben sowie zwei Scheibenrisse. Die Glasgemälde sind in den Fenstern der Schlossräume eingebaut. Zumeist handelt es sich um Stiftungen von Mitgliedern der Familie Zollikofer.

Die 1585/86 errichtete St. Wiboradakapelle neben dem Schloss erhielt, wie Traugott Zollikofer 1871 (S. 40) berichtet, damals (“neuestens”) einen “Schmuck von Glasmalereien”. Dies geschah in Zusammenhang mit der Einrichtung des Familienmuseums in Schloss Altenklingen im Jahr 1864.