Der Kirchensatz der den Heiligen Johannes dem Täufer und Evangelisten geweihten Kirche von Affeltrangen kam 1275 in den Besitz der Johanniterkommende Tobel und diese kaufte 1280 von der Abtei St. Gallen auch den dortigen Kehlhof. Mit der Aufhebung der Kommende im Jahre 1807 ging das Kollaturrecht der Kirche an die thurgauische Regierung über (Knoepfli, 1955, S. 3).
Die ältesten, ins 13. oder 14. Jahrhundert datierenden Bauteile der Kirche Affeltrangen befinden sich im Schiff und Turm. Das Gotteshaus dürfte vor 1508 eine Turm- und Chorerneuerung erfahren haben. Darauf weisen die von 1502 stammende grosse Glocke und die beiden 1508 sicherlich gegen Umbauabschluss vom Komtur und Schaffner der Kommende Tobel, der Kirchenherrin, gestifteten Glasgemälde (Knoepfli, 1955, S. 4). 1882 schuf Karl Wehrli ornamentale Verglasungen mit damaszierten Rauten und Rahmungen mit farbigem Blattwerk für alle Fenster (vgl. Rahn, 1899, S. 7). Die alten Wappenscheiben wurden darin integriert.
1934 und 1986 erfolgten weitere Kirchenrenovationen.
Im Vorraum befindet sich ein Glasgemälde “Arche Noah” 1987 von Heinrich Stäubli (TG_485).