Das Rat- und Kaufhaus von Weinfelden wurde 1607/08 neu erbaut (Lei, 1983, S. 333). 1608 stellten die Weinfelder an der eidgenössischen Tagsatzung ein Gesuch um Fenster mit Ehrenwappen. 1609 wurde vermerkt, dass die Mehrheit der Orte die verlangten Fenster bereits verehrt hat, die übrigen sollten sich bis zur nächsten Zusammenkunft ebenfalls entscheiden (Eidgenössische Abschiede, Bd. 5, S. 1399).
1823 wurden die Scheiben aus dem Rathaus an Oberamtmann Paul Reinhart, Besitzer des Scherbenhofs in Weinfelden, verkauft. 1829 vermeldete das Thurgauische Neujahrsblatt (S. 12), dass im Scherbenhof noch etliche vormals im Gemeindehaus Weinfelden vorhandene gemalte “Wappenfenster” zu sehen seien, so diejenigen der Städte Wyl, Frauenfeld, Zürich, Basel, Schaffhausen, Appenzell und Winterthur. Meyer zählt 1888 (einer unbekannten Quelle folgend) noch weitere Scheiben im Scherbenhof auf: Ämterscheibe Zürich 1618, Standesscheibe Basel 1610, Standesscheibe Schaffhausen 1610, Standesscheiben von Unterwald, Schwyz und Zug, Stadtscheibe Frauenfeld 1623, Standesscheibe Appenzell 1617, Stadtscheibe Winterthur 1590, Stadtscheibe Wil 1606, Landschaftsscheibe Toggenburg 1597, St. Gallen 1623, Glarus 1610, Allianzscheibe Lorenz Scherb und Helene Schobinger 1647, Allianzscheibe Gideon Scherb und Margaretha Bridler (Meyer, 1888, S. 22–23; vgl. Keller, 1931, S. 172). Nach Meyer (1888, S. 22) sollen die Scheiben um 1843 von dort ins Hotel de Cluny in Paris gelangt sein. Im Musée de Cluny (Musée du Moyen Age) sind diese Werke aber schon 1983 (Das Rathaus Frauenfeld, 1983, S. 36) nicht nachweisbar (vgl. auch Boesch, 1945, S. 141). 1831 wurde das Rathaus abgerissen.

1832 entstand der Neubau des Rathauses durch Rudolf Hofmann; 1897 Um- und Ausbau durch den St. Galler Stadtbaumeister Albert Pfeiffer, 1984–86 renoviert. Neben zwei vermutlich ursprünglich in den Vorgängerbau des Rathauses gestifteten Scheiben befinden sich heute dort die Wappenscheiben aus dem Weinfelder Schützenhaus von 1682 sowie elf weitere Glasgemälde.