Nach der Berufung der Jesuiten nach Freiburg im Jahr 1580 wurde 1582 unter Leitung des Petrus Canisius eine provisorische Schule in der Lausannegasse eingerichtet. Seit 1584 wurden auf dem Bisehügel Mittelbau und Ostflügel des Kollegiums errichtet und 1596 vollendet. Das Bauprojekt entstammte dem Architekten Giovanni de Rosis (1538–1610), die Ausführung den Freiburger Baumeistern Franz (†1595) und Abraham Cotti (†1615/16). Der Bau der Kirche erfolgte 1604–1613, der Westtrakt als Verbindung zwischen Mittelbau und Kirche entstand erst 1659–1661 unter dem Architekten Johann Franz Reyff (1614–1673). Der imposante Bau prägt neben der Kathedrale und der Stadtbefestigung das Bild der Altstadt Freiburgs. Die dreigeschossigen Kollegiumsflügel mit profilierten Kreuzstockfenstern wirken monumental und nüchtern. Im Erdgeschoss des Mittelbaus befindet sich das 1636 in eine Kapelle umgewandelte Sterbezimmer des Petrus Canisius (†1597), der 1925 heiliggesprochen wurde.
Die Kirche St. Michael gehört zu den bedeutenden nachgotischen Bauten der jesuitischen Gegenreform im süddeutschen Raum und folgt dem üblichem Typus mit breitem hohem Schiff ohne Querhaus und einem Chor in gleicher Breite und Höhe mit halbrunder Apsis. Die Seitenschiffe bestehen aus zwischen den Wandpfeilern eingerichteten Kapellen, die von Tribünen überhöht werden. Der Turm befindet sich im Süden. Über der Sakristei im Norden wurde 1637 eine Kapelle des hl. Ignatius eingerichtet, die einen 19-teiligen Bilderzyklus mit dem Leben des Ordensheiligen aus dem Atelier Claude Fréchot aufnimmt. Das Innere der Kirche wurde 1756–1757 durch den Architekten Franz Wilhelm Raballiati (1716–1782), Hofbaumeister des pfälzischen Kurfürsten Karl Theodor, in gelungener Weise in einem festlichen Rokoko umgestaltet. Die Decken erhielten Spiegelgewölbe mit hohen Stichkappen, das Schiff Pilaster mit ionischen Kapitellen und einem ausladenden Kranzgesims. Die Emporengalerien wurden zu Mauerschlitzen reduziert und durch prächtige Schmiedeeisengitter geschlossen. Den reichen Stuckdekor schuf Guiseppe Antonio Albruzzi, die Deckenfresken Franz Anton Ermeltraut. Kanzel und ein Ensemble spätbarocker Marmoraltäre bilden eine einheitliche Ausstattung.
Die Quellenlage zu den Scheibenstiftungen und der Fensterausstattung in Kollegium und Kirche St. Michael ist ungewöhnlich reich (ausführlich bei Bergmann 2014. S. 132–138). Schon 1587 bat der Freiburger Schultheiss von Affry die eidgenössische Orte um die Stiftung von Fenster und Wappenscheiben in das neuerbaute Kollegium. Erst nach einem erneuerten Gesuch erfolgte 1594–1596 auch ihre Bezahlung. Ein Vertrag des Rektors vom 15.6.1595 mit neun Glasern und Glasmalern Freiburgs hat sich erhalten. Insgesamt sollten 64 Kreuzstockfenster mit je zwei Glasgemälden ausgestattet werden: darunter Wappenscheiben geistlicher Stifter, Scheiben der Stände und Städte, Botschafter, weltlicher Würdenträger, der Vogteien, Ratsherren sowie unterschiedlicher Stifter in Stadt und Landschaft.
Die ab 1604 im Bau befindliche Kirche sollte dagegen nur Wappenstiftungen der Kleinräte, der Sechziger und Stadtbürger erhalten. Das Standeswappen Freiburgs als obrigkeitliches Zeichen im Chor wurde 1610 dem Glasmaler Christoph Heilmann bezahlt. 1614 bat der Freiburger Rat auf Anregung der Jesuiten die katholischen Orte doch noch um Schenkung von Fenster und Wappen. Die Verbündeten kamen in den folgenden Jahren dem Wunsch nach. 1642 wurden diese Standesscheiben durch einen Hagelschlag stark beschädigt und mussten restauriert bzw. ersetzt werden.
Über das spätere Schicksal der Scheiben ist nur wenig bekannt. Wahrscheinlich wurden sie schon 1797 ausgebaut oder versetzt, als italienische Glaser für Tausende von Blankscheiben vergütet wurden. 1880 schuf der Glasmaler Friedrich Berbig aus Zürich (1845–1923) ornamentale Grisaillefenster im Chor und in der Westfassade (Rose) der Kirche. 1882 wusste man noch von den "wunderbaren Wappenscheiben der Wohltäter des Kollegiums" zu berichten, die im 18. Jahrhundert abermals durch einen Hagelschlag zerstört worden seien. Kärgliche Reste der alten Glasmalereiausstattung blieben aber offenbar bis 1904 erhalten, als der Kanton einem Antiquar alte Glasgemälde aus dem Kollegium St. Michael verkaufen wollte. Wohin diese Glasgemälde schliesslich gelangten, ist unbekannt.