Eine Pfarrkirche in Wünnewil ist erstmals 1228 urkundlich bezeugt. Es dürfte sich dabei um ein bescheidenes Kirchlein gehandelt haben, das 1408–1412 einen neuen Altar zu Ehren der hl. Margaretha erhielt. Dieses Gotteshaus wurde anlässlich der Kriegszüge zwischen Bern und Freiburg 1448 durch einen Brand zerstört. Der daraufhin errichtete Neubau blieb, dem Visitationsprotokoll von 1453 nach zu urteilen, ohne Verputz und Fenster. Die Pfarrei vergrösserte sich infolge der Reformationswirren und erlangte durch die Verlegung des Verkehrs über die Sensebrücke neue Bedeutung. Doch erhielt Wünnewil erst im Zuge der Gegenreformation eine neue Pfarrkirche, die Bischof Johann von Wattenwil am 30. Juni 1624 einweihte. Knapp 150 Jahre später, im Jahr 1773, wurde diese nochmals durch einen grösseren Neubau ersetzt, der 1776 von Bischof von Montenach geweiht und mit Fresken von Gottfried Locher ausgemalt wurde. 1865 wurde das Schiff der Kirche verlängert und mit einem Turm abgeschlossen. Die Pfarrgemeinde wuchs im 19. Jahrhundert derart an, dass 1933 eine grössere moderne Pfarrkirche nach Plänen des Architekten Augustin Genoud in Sichtbetonweise errichtet wurde. Ihre Fenster nehmen Glasgemälde von Albin Schweri im Chor und von Henri Broillet im Schiff auf. Die Kreuzwegstationen stammen von Théophile Robert. Die alte Pfarrkirche wurde erst 1968 abgebrochen. Von ihrer Ausstattung blieb ein Rosenkranzbild aus der Mitte des 17. Jahrhunderts erhalten. Aus der alten Pfarrkirche soll auch eine Standesscheibe von 1605 stammen (FR_82).