Die Kirche von Zweisimmen wird erstmals im Kirchenverzeichnis des Bistums Lausanne von 1228 erwähnt. Seit 1335 gehörten die Rechte über die dortige Marienkirche dem Augustinerkloster Interlaken. Bei der Reformation 1528 fielen sie an Bern.
Bei Renovationsarbeiten wurden Reste eines schmalen, vielleicht frühmittelalterlichen Vorgängerbaues festgestellt, der einen starken, nicht eingezogenen Quadratchor besass. Eine West- und Süderweiterung entwickelten das Schiff wohl schon vor 1456 zu einer geräumigen Saalkirche, möglicherweise mit einem verschwundenen Nebenchor. Ein hochgelegenes Rundbogenfensterchen auf der Südseite deutet auf das 13. oder frühe 14. Jahrhundert. Der bischöfliche Visitationsbericht von 1453 rügte den mangelhaften Bau- und Einrichtungszustand. Von der Mitte des 15. Jahrhunderts an erfolgten Umbauten, verbunden mit einer kostbaren Ausstattung, die sicher auch die Bedeutung Zweisimmens als Hauptort der Talschaft hervorheben sollte. Die Fixpunkte sind: 1456 Deckeneinbau im Schiff, 1470 wahrscheinlich Glasgemäldestiftung durch Kastlan Peter Ross, wohl um 1480 Anbringen von Wandmalereien, 1489 päpstliche Kollektenerlaubnis zugunsten einer vermutlich die Chorvergrösserung des späten 15. Jahrhunderts betreffenden Kirchenerneuerung (polygonaler Chorteil mit heutigen Fenstern) sowie um 1500 untern anderem Anbringen einer Chordecke und weiterer Wandmalereien. Spätere Umbauten und Renovationen erfolgten 1693 (Fenstereinbau bei jetziger Kanzel), 1785/86, 1842/43 (Entfernung des spätgotischen Chorbogens), 1929, 1947–1949, 1957/58 und 1978. Ausser ihrer frühneuzeitlichen Glasmalereien im Chor (s.u.) besitzt die Kirche im Schiff noch zwei Glasscheiben Paul Zehnders und Robert Schärs von 1957 sowie vier Schliffscheiben Christian Rubis.

Zur spätgotischen Ausstattung des Chors gehören mehrere aus unterschiedlicher Zeit stammende Glasmalereien, die wie gewisse Elemente der Wandmalereien teilweise stadtbernische Einflüsse verraten. Die ältesten von ihnen sind drei Glasgemälde, die unter dem Eindruck der Verglasung des Berner Münsters entstanden. Es handelt sich um die Scheiben mit der Muttergottes (s III, 2a), der Kreuzigungsgruppe (s III, 2b) sowie Johannes dem Täufer und einem heiligen Bischof (I). Eine weitere aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts stammende Stiftung bildet die runde Allianzwappenscheibe Jost Käslis (I, 1). Dazu gesellen sich die zwei Stiftungen Berns von vermutlich 1522 sowie die beiden möglicherweise um die gleiche Zeit entstandenen Masswerkfüllungen mit Sonne und Halbmond.